Auteur Sujet: Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie  (Lu 1196375 fois)

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alain_p

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #8220 le: 18 décembre 2021 à 10:56:44 »
En Grande Bretagne le OMicron est pas loin de 50% des cas. Ils observent un doublement tous les 2 jours.
Le 13 décembre, le NHS estimaient que 20% des Covid+ étaient du OMicron
En fait, Ourworldindata donne plein d’informations fausses ou incomplètes.

Pour ces estimations en Angleterre, justement je n'ai pas retrouvé la source, donc je me demande d'où elles sortent. Pour Ourworldindata, je sais qu'elles viennent de la base de séquençage Gisaid. Et donc qu'il le voit, sur un échantillon qui peut être réduit, deux fois plus fréquent chez nous qu'en Grande Bretagne. Tu remarqueras aussi, car le séquençage prend pus de temps, que les données sont pour le 13 Décembre. Depuis, la part d'Omicron a probablement augmenté. Ce matin, j'entendais Olivier Véran dire à la radio qu'elle était estimée entre 7 à 10% en France. Le problème en France, c'est que le criblage pour le omicron n'est pas encore au point, donc que cette part est incertaine...l

alain_p

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #8221 le: 18 décembre 2021 à 10:59:27 »
En fait, j'ai vu aussi cette étude d'Imperial College :

Donc 122063 cas de Delta pour 11329 d'Omicron en Angleterre, sur des données de criblage jusqu'au 11 Décembre...

Citer
L’étude se base sur données de l’UKHSA et du NHS pour tous les cas de SARS-CoV-2 confirmés par PCR en Angleterre et ayant subi un test entre le 29 novembre et le 11 décembre 2021. Elle comprend des personnes identifiées comme ayant une infection par Omicron en raison d’un échec de ciblage du gène S (SGTF), ainsi que des personnes dont les données de génotype ont confirmé l’infection par Omicron. Au total, 196 463 personnes sans échec de ciblage du gène S (susceptibles d’être infectées par une autre variante) et 11 329 cas avec échec de ciblage (susceptibles d’être infectés par Omicron) ont été inclus dans l’analyse, ainsi que 122 063 cas delta et 1 846 cas Omicron dans l’analyse du génotype.

https://www.caducee.net/actualite-medicale/15632/omicron-forte-capacite-d-echappement-immunitaire-et-taux-de-reproduction-superieur-a-3-selon-les-dernieres-donnees-anglaises.html

alain_p

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #8222 le: 18 décembre 2021 à 11:08:14 »
Il y a cet article de l'Express qui explique pourquoi le nombre de cas Omicron peut être sous-estimé chez nous. On est moins bon que les anglais en séquençage...

Citer
Variant Omicron : le nombre de cas en France est-il (très) largement sous-estimé ?
310 cas du nouveau variant sont officiellement comptabilisés dans l'Hexagone. Mais en raison de notre mode de détection, ce chiffre est inévitablement en dessous de la réalité.

Par Valentin Ehkirch Publié le 17/12/2021 à 05:30

...
Mais si ce chiffre est uniquement indicatif, c'est aussi en raison de notre méthodologie d'identification des cas. Pour détecter un variant, le séquençage est la méthode la plus précise. Elle consiste à détailler le génome du virus pour en identifier les mutations et ainsi déterminer de quel variant il s'agit. "C'est assez long, cela peut aller de trois jours à une semaine environ", explique Claude-Alexandre Gustave, biologiste médical qui travaille dans un laboratoire de recherche à proximité de Lyon. Certains pays comme le Danemark ou le Royaume-Uni sont en pointe dans ce domaine, et sont capables de séquencer plusieurs dizaines de milliers de cas par semaine. C'est ce qui explique notamment l'écart observé entre le nombre de cas d'Omicron identifiés dans ces pays et dans l'Hexagone.

Thornhill

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #8223 le: 18 décembre 2021 à 11:10:34 »
Gisaid c'est juste les séquençages et tous les séquençages n'y sont pas forcément reversés par les pays.
Donc oublie cette source pour avoir une estimation fiable.

Les donnés UKHSA indiquent 54% "d'Omicron-probable" au 14/12 via l'indicateur SGTF ( donc bien avant sequençage).
Et 80% à Londres.

Donc Bojo a raison de dire que Omicron porte cette vague maintenant.

https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1042100/20211217_OS_Daily_Omicron_Overview.pdf

alain_p

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« Réponse #8224 le: 18 décembre 2021 à 11:22:16 »
Les donnés UKHSA indiquent 54% "d'Omicron-probable" au 14/12 via l'indicateur SGTF ( donc bien avant sequençage).

Pour information pour les autres personnes du forum, SGTF, c'est la la détection du géne appelé S dans les tests PCR, qui n'est pas présent dans le variant Omicron, mais l'est dans celui Delta. C'est cette détection qui n'est pas au point en France, qui fait que l'on se réfère au séquençage.

P.S : SGTF : S Gene Target Failure.

Merci pour le document, il faut que je le vois en détail.

Citer
«Les infections au variant omicron augmentent rapidement en Belgique», avertit Emmanuel André

Le microbiologiste avait déjà exprimé son inquiétude ces derniers jours.

...
Ce jeudi, dans un nouvel update, Emmanuel André a indiqué que le nombre de cas du variant omicron augmente rapidement en Belgique. « 6 % des échantillons des tests PCR positifs présentent un SGTF (le gène détecté) et 90 % des SGTF sont confirmés comme omicron par séquençage », a-t-il ajouté.

https://www.lesoir.be/412727/article/2021-12-16/les-infections-au-variant-omicron-augmentent-rapidement-en-belgique-avertit
« Modifié: 18 décembre 2021 à 18:06:40 par alain_p »

Thornhill

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« Réponse #8225 le: 18 décembre 2021 à 11:30:13 »
De toutes façons, avec un tel avantage (doublement en 2 jours), Omicron sera majoritaire partout en Europe dans quelques jours.


alain_p

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« Réponse #8226 le: 18 décembre 2021 à 11:56:14 »
C'est possible, à voir. Et dans ce cas là, le Reff devrait réaugmenter en France. Et on devrait lors assez rapidement savoir si c'est une bonne nouvelle, ce remplacement du Delta par le Omicron (s'il est beaucoup plus bénin), ou pas.

eruditus

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #8227 le: 18 décembre 2021 à 12:10:31 »
 Tu en es à te poser la question de savoir si c’est une bonne nouvelle ?
Je vais gâcher ton week end.
OMicron et sa vitesse de propagation est une putain de très mauvaise nouvelle, sois en certain.

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« Réponse #8228 le: 18 décembre 2021 à 12:12:21 »
Mais omicron est moins dangereux que le delta par ex.

Thornhill

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« Réponse #8229 le: 18 décembre 2021 à 12:17:10 »
Pour l'instant, les anglais indiquent n'avoir pas assez de données fiables sur la sévérité :


We find no evidence (for both risk of hospitalisation attendance and symptom status) of Omicron having different severity from Delta, though data on hospitalisations are still very limited.


Apparemment un premier rapport avec des données significatives sera publié dans une dizaine de jours.

En attendant il y a ces travaux de l'université de Cambridge qui indiquerait que Omicron produirait moins de fusions cellulaires dans les poumons (lésion caractéristiques des formes graves) :
 

alain_p

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« Réponse #8230 le: 18 décembre 2021 à 12:18:46 »
Tu en es à te poser la question de savoir si c’est une bonne nouvelle ?
Je vais gâcher ton week end.
OMicron et sa vitesse de propagation est une putain de très mauvaise nouvelle, sois en certain.

Pas forcément, et beaucoup de médecins l'ont dit. Regarde le cas de l'Afrique du Sud, où il a remplacé le Delta depuis quelque temps déjà, et où il y a beaucoup moins de décès que chez nous.

underground78

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #8231 le: 18 décembre 2021 à 12:20:15 »
Mais omicron est moins dangereux que le delta par ex.
Peut-être mais sa vitesse de propagation peut suffire pour qu'il cause plus de morts comme il y a un effet exponentiel sur le nombre de contaminés.

C'est bien expliqué dans cet article du Monde : https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2021/12/14/sars-cov-2-pourquoi-un-variant-plus-contagieux-mais-moins-mortel-fera-plus-de-victimes_6106035_4355770.html.

Le graphique est très parlant je trouve.