Auteur Sujet: Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie (Lu 1196089 fois)

alain_p · « **Réponse #3552 le:** 15 septembre 2020 à 19:39:35 »

Citation de: Thornhill le 15 septembre 2020 à 19:04:08

Et donc il y a du virus "vivant" (hem hem la science) à CT=35, ça contredit les affirmations du gourou.

Si tu préfères qui est capable de reproduire (bien sûr avec une cellule hôte...), tu joues sur les mots, mais donc un ARN ou un ADN complet, avec suffisamment de quantité. Et non, cela ne contredit pas les affirmations de Didier Raoult, simplement que au delà, il parlait de 42 cycles à Marseille (certains monteraient à 45), et là effectivement, on est à 0.

Mais tout ce qui vient de Didier Raoult, tu le repousses sans même regarder, tellement ton parti pris est fort. Je le répète, ce n'est parce qu'il a tort sur HCQ + AZ, où il s'est trop avancé au départ, qu'il a tort sur tout. Et je rappelle qu'il n'est pas tout seul à l'IHU, et qu'il y a d'autres personnes qui font un travail respectable. Ce n'est pas lui qui gère les tests.

Nico · « **Réponse #3553 le:** 15 septembre 2020 à 19:46:41 »

Citation de: alain_p le 15 septembre 2020 à 19:39:35

Je le répète, ce n'est parce qu'il a tort sur HCQ + AZ, où il s'est trop avancé au départ, qu'il a tort sur tout.

Je propose d'en reparler quand il aura fait amende honorable sur ça et les autres sujets. En attendant, partir du principe que ce qu'il dit est probablement faux me semble pas choquant.

alain_p · « **Réponse #3554 le:** 15 septembre 2020 à 19:56:15 »

Sauf que tu fais semblant de penser que seul lui le dit, alors que c'est loin d'être le cas concernant le nombre de CT. Voir l'article déjà cité, ou celui du New York Times :

Citer

One solution would be to adjust the cycle threshold used now to decide that a patient is infected. Most tests set the limit at 40, a few at 37. This means that you are positive for the coronavirus if the test process required up to 40 cycles, or 37, to detect the virus.

Tests with thresholds so high may detect not just live virus but also genetic fragments, leftovers from infection that pose no particular risk — akin to finding a hair in a room long after a person has left, Dr. Mina said.

Any test with a cycle threshold above 35 is too sensitive, agreed Juliet Morrison, a virologist at the University of California, Riverside. “I’m shocked that people would think that 40 could represent a positive,” she said.

https://www.nytimes.com/2020/08/29/health/coronavirus-testing.html

Tu jettes le bébé avec l'eau du bian, sans chercher à faire de distinction.

Nico · « **Réponse #3555 le:** 15 septembre 2020 à 20:08:24 »

Citation de: alain_p le 15 septembre 2020 à 19:56:15

Tu jettes le bébé avec l'eau du bian, sans chercher à faire de distinction.

Ah non non, je jette juste l'eau dans le port de Marseille. Comme on dit, une montre cassée donne l'heure juste 2x par jour, ça laisse quelques possibilités pour qu'il ne dise pas de conneries.

Je n'ai pas de problème avec cet article du NYT, il serait intéressant d'avoir cependant d'autres sons de cloche pour se forger un avis.

Nico · « **Réponse #3556 le:** 15 septembre 2020 à 20:12:18 »

D'ailleurs on a visiblement eu du grand Raoult au Sénat cet après-midi, dans sa posture suffisante que l'on connait bien. Ce n'est pas une attitude qui donne envie d'y apporter un quelconque crédit.

EDIT :
Au Sénat, le "grand cirque" Raoult

Auditionné sans contradicteur par la commission d'enquête du Sénat sur le Covid-19, le professeur controversé n'a pas levé les doutes. Au contraire.

Il est arrivé entouré d'une nuée de journalistes, puis s'est installé derrière son pupitre, en majesté, le masque retombant négligemment en-dessous des narines. En majesté, car déjà vainqueur : les membres de la commission d'enquête, son président Alain Milon en tête, avaient insisté pour que l' audition de Didier Raoult se fasse dans un cadre "contradictoire", afin que le professeur puisse s'expliquer, pour la première fois depuis le début de la crise, sur ses déclarations tonitruantes face à des experts. Mais l'infectiologue star a (une nouvelle fois) refusé : "Je ne peux pas me retrouver...

https://www.lepoint.fr/sante/au-senat-le-grand-cirque-raoult-15-09-2020-2392105_40.php

Vaut mieux en rire vous me direz...

alain_p · « **Réponse #3557 le:** 15 septembre 2020 à 20:30:01 »

En Belgique, c'est 30 à 35 cycles :

Citer

Tests PCR trop sensibles

Frédéric Cotton, est le responsable du service biochimie clinique au laboratoire universitaire de Bruxelles, un des 5 plus grands labos belges. Pour lui, tout s’explique : "Au départ de l’épidémie, le test PCR, c’était pour le diagnostic, pour mettre à tout prix en évidence, le virus. On avait besoin de la plus grande sensibilité possible. Aujourd’hui, on est davantage dans une démarche préventive pour limiter les contaminations. Et il semblerait qu’en détectant des faibles quantités de virus, on peut considérer comme positif un patient qui a peu de chance de transmettre la charge virale dont il est porteur à son entourage."

On amplifie 30 à 35 fois des fragments du virus pour pouvoir le détecter

Comment fonctionne ce test PCR (pour Polymerase Chain Reaction), il y a une amplification à partir de quelques molécules, on en obtient une grande quantité par cycles successifs. "Aujourd’hui, on n’a peut-être pas intérêt à autant amplifier le virus parce que le risque est d’en détecter parfois des traces d’un virus qui n’est plus infectieux, d’un virus entre guillemet mort" : admet le scientifique.

Chez nous, en Belgique, pour un test PCR Sars-Cov2, on fait entre 30 et 35 cycles d’amplification. Cela dépend de l’équipement et de la méthode utilisée par le laboratoire. Tout n’est pas encore standardisé. Et Frédéric Cotton, d’ajouter : "On estime qu’à partir de 30 à 35 cycles où on a amplifié le virus, on considère que la charge virale (la quantité de virus) est non significative et négligeable."

https://www.rtbf.be/info/societe/detail_coronavirus-vous-avez-un-test-pcr-positif-et-vous-ne-l-etes-peut-etre-pas-ou-vous-n-etes-pas-contagieux?id=10578123

spectrolazer · « **Réponse #3558 le:** 15 septembre 2020 à 21:04:50 »

En fait tu ne sembles pas avoir compris.
Le protocole est lié à l'automate, donc à un constructeur spécifique : il vend ses machines, ses réactifs et paramètre ses automates de façon propriétaire.
Donc bidule aura n cycles quand machin en aura z.

On ne change pas le protocole comme on change la quantité d'un produit dans un panier virtuel...

Le passage du qualitatif au quantitatif est un projet monumental quasiment impossible à mettre en place compte tenu du contexte tendu de production des tests.

alain_p · « **Réponse #3559 le:** 15 septembre 2020 à 21:07:01 »

Citation de: spectrolazer le 15 septembre 2020 à 21:04:50

En fait tu ne sembles pas avoir compris.
Le protocole est lié à l'automate, donc à un constructeur spécifique : il vend ses machines, ses réactifs et paramètre ses automates de façon propriétaire.

Toi, tu ne sembles pas prêt à t'adapter. "Cela fait des mois que l'on fait comme cela, on ne pas changer". Voir ce qui est dit dans l'article :

Citer

Chez nous, en Belgique, pour un test PCR Sars-Cov2, on fait entre 30 et 35 cycles d’amplification. Cela dépend de l’équipement et de la méthode utilisée par le laboratoire. Tout n’est pas encore standardisé.

spectrolazer · « **Réponse #3560 le:** 15 septembre 2020 à 21:21:29 »

Pas moi, les chaines de production 24/24 7/7 qui ne tolère aucune interruption.
Et je te laisse imaginer qu'en toute logique un cas jugé litigieux entre 35 et 42 cycles doit certainemrnt être relancé.

alain_p · « **Réponse #3561 le:** 15 septembre 2020 à 21:35:10 »

Pourquoi il serait "litigieux" ? Ce qui est dit, c'est qu'entre 35 et 42, la personne n'est probablement pas contagieuse (à ~92%), donc pas la peine d'insister. Tu as toujours un réflexe binaire, positif ou négatif. Après, la limite exacte dépend effectivement de l'équipement et de la méthode utilisée.

Pour les chaines 24/24, 7j/7, faire moins de cycles permettrait d'économiser du temps, et de faire plus de tests par jour, en plus d’économiser des réactifs, et d'arriver un peu à diminuer le délai pour avoir un résultat, qui, voir les tableaux de Thornhill, serait de 3 jours actuellement en moyenne.

spectrolazer · « **Réponse #3562 le:** 15 septembre 2020 à 21:52:09 »

Parce que quand on fait du médical les "probablement" et les 8% de doute sont à bannir...

Binaire, quand je te dis qu'un doute sur une positivité peut provoquer la relance ?!?

Aucune économie de temps sur le nombre moindre de cycles, il y a des phases du test beaucoup plus longue type l'extraction de l'adn.

Thornhill · « **Réponse #3563 le:** 15 septembre 2020 à 22:00:29 »

Le groupe de modélisation ETE de (CNRS/Université de Montpellier) modélise l'évolution de l'épidémie avec la dynamique actuelle (donc sans préjuger d'une accélération de la transmission dus aux rythmes hivernaux) :