Auteur Sujet: Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie (Lu 1196163 fois)

alain_p · « **Réponse #3432 le:** 10 septembre 2020 à 19:27:48 »

Ce n'est pas une vague, cela ne submerge pas les hôpitaux...

Thornhill · « **Réponse #3433 le:** 10 septembre 2020 à 19:39:02 »

Citation de: alain_p le 10 septembre 2020 à 19:27:48

Ce n'est pas une vague, cela ne submerge pas les hôpitaux...

Selon ta définition, arbitraire, que je ne partage pas.
Pour moi une vague épidémique c'est un pic (cas&mortalité), suivie d'une décroissance nette et continue.
Mais tu peux mettre le mot que tu veux derrière ce phénomène.

Ce qui est intéressant en Roumanie, c'est qu'après une première vague épidémique (cas positifs et mortalité), modeste par rapport à des pays plus touchés, la deuxième vague, plus importante, est arrivée en plein été, probablement à cause du relâchement des mesures ayant stoppé la première, ce qui montre que la saisonnalité annoncée avec beaucoup de certitudes par certains comme ne permettant pas une deuxième vague avant l'hiver n'est pas pour l'instant constatée.

La deuxième vague marseillaise n'a pas pu être évitée par le contexte estival, non plus (relâchement, toujours).

Jojo78 · « **Réponse #3434 le:** 10 septembre 2020 à 20:08:06 »

Intéressant ce graphique des actes sos médecins et du coup, probablement l'un des baromètres parmis les plus fiables, non?
Manque juste la confirmation, faute de tests, que les diagnostiqués covid de mars aient vraiment été des cas covid.
Là on serait à 1/300 du nombre d'actes de mars.

Thornhill · « **Réponse #3435 le:** 10 septembre 2020 à 21:28:19 »

https://www.industrie-techno.com/article/au-rythme-actuel-avec-nos-tests-rt-pcr-nous-allons-confiner-des-dizaines-de-milliers-de-gens-pour-rien-alerte-le-dr-yvon-le-flohic.61409

« Au rythme actuel avec nos tests RT-PCR, nous allons confiner des dizaines de milliers de gens pour rien », alerte le Dr. Yvon Le Flohic

MANUEL MORAGUES
PUBLIÉ LE 03/09/2020

Membre du collectif de professionnels de santé auteur de deux tribunes publiées cet été pour pousser à la prise en compte de la contamination par aérosol avec notamment le port du masque en lieux clos, le Docteur Yvon Le Flohic est médecin généraliste et ancien membre de la cellule de veille épidémiologique de la grippe H1N1. Depuis plusieurs mois déjà, il questionne la stratégie de dépistage fondée sur les tests RT-PCR. Il explique aujourd’hui pour Industrie & Technologies en quoi l’usage actuel de ces tests de diagnostic pour évaluer la contagiosité des personnes est inefficace et impose des quatorzaines inutiles. Avec la croissance du nombre de nouveaux cas, il alerte sur le coût socio-économique de la multiplication des confinements individuels. Repenser la doctrine française s’impose.

Industrie & Technologies : Vous vous interrogez sur l’inadéquation du dépistage par RT-PCR du Covid-19 pour identifier les patients contagieux. Pourquoi ?

Dr. Yvon Le Flohic : Le test RT-PCR sur prélèvement naso-pharyngé est le principal, sinon le seul, test dont nous disposons. C’est lui qui façonne notre vision de l’épidémie. Mais comme tout test médical, il a ses caractéristiques et ses limites, notamment en termes de sensibilité et de spécificité, qui doivent déterminer son usage. Il n’est pas question de remettre en question la puissance de la technique de RT-PCR, mais il faut comprendre que l’on utilise les tests RT-PCR comme un test de contagiosité sans prendre en compte leurs limites en la matière. Ce qui fait que les tests RT-PCR pratiqués actuellement en France sont de mauvais tests de contagiosité. Or c’est sur eux que l’on se base pour isoler les personnes infectées – ce qui peut avoir de lourdes conséquences personnelles et sociales – et pour, conjointement avec les mesures de prévention comme le port du masque, ralentir la propagation de l’épidémie. L’enjeu est donc majeur, d’autant plus que l’augmentation des nouveaux cas continue.

En quoi les tests RT-PCR sont-ils de mauvais tests de contagiosité ?

Tout d’abord, le test RT-PCR n’est pas un test de la présence du virus mais un test de la présence de séquences génétiques du virus. Or les personnes peuvent excréter des séquences virales sans pour autant excréter de virus vivants. C’est une première raison qui fait que l’on peut être positif à la RT-PCR sans pour autant être contagieux. Par exemple 20, 30 voire 45 jours après le début des symptômes. Deuxième raison : la RT-PCR fonctionne par répétition de cycles de multiplication de la quantité des séquences génétiques cibles présentes dans l’échantillon d’origine jusqu’à atteindre une quantité détectable. C’est ce qui fait la puissance de cette technique : en poussant le nombre de cycles, on peut arriver à détecter de très petites quantités de matériel génétique. Mais c’est aussi un écueil pour mesurer la contagiosité. Car il faut qu’une personne excrète une dose minimale de virus pour qu’elle puisse être contagieuse. C’est le cas pour toute maladie virale : il faut être en contact avec une quantité minimale de virus, ce que l’on appelle l’inoculum, pour être infecté. Avec les dizaines de cycles de PCR utilisés dans les labos pour les tests, on peut très bien sortir positif alors qu’on n’excrète qu’une trop faible quantité de virus pour être contagieux ou à tout le moins pour être fortement contagieux.

Il y a aussi une question de « timing » : on teste parfois trop tôt et souvent trop tard…

La cinétique de l’excrétion du virus n’est effectivement pas bien prise en compte. La quantité de virus excrétée par une personne infectée part de zéro, augmente, atteint un pic puis redescend progressivement, avec parfois des oscillations autour du niveau bas. La pertinence d’un test RT-PCR dépend donc du moment auquel il est réalisé. Si c’est trop proche de la date de contamination, la quantité de virus sera trop faible pour être détectée par la PCR. Le test sera négatif alors que, quelques jours plus tard, la personne excrètera plus de virus et sera contagieuse. C’est pour cela que l’on préconise généralement pour les cas contacts un test 7 jours après la contamination potentielle. D’autre part, on estime aujourd’hui que la plupart des contaminations interviennent entre 2 jours avant l’apparition des symptômes et 7 jours après (hors cas sévères). Environ 50% des contagions auraient lieu avant le début des symptômes. Cette cinétique est à mettre en relation avec la politique actuelle envers les clusters : le temps de constater des symptômes, d’enregistrer au moins 3 cas positifs, de retracer leurs contacts, de les faire tester et d’obtenir les résultats, on va probablement finir par mettre en quatorzaine des personnes au moment où ils ne sont plus ou presque plus contagieux. C’est à la fois peu efficace pour éteindre les clusters et inutilement pénalisant pour la société.

Est-il possible de mieux tester la contagiosité ? Y a-t-il des alternatives à la RT-PCR ?

Il n’y a pas vraiment d’alternative à la détection du virus par son matériel génétique via la RT-PCR. Les tests sérologiques n’ont pas d’utilité en matière de contagiosité et la troisième catégorie de tests, la détection antigénique, n’est pas là. Mais on peut utiliser la RT-PCR différemment et modifier la politique de dépistage (la doctrine d'emploi) pour tenir compte des caractéristiques des tests et de ce que l’on sait de la contagiosité. En termes de stratégie, plutôt que le dépistage massif et aveugle vers lequel on s’est orienté, il serait plus judicieux de réellement intégrer le fait que l’épidémie se propage majoritairement de lieux clos en lieux clos plutôt que de façon inter-individuelle. Cela voudrait dire cibler le dépistage sur les clusters potentiels. En réalisant des tests plus rapidement, plus facilement et de façon répétée dans le temps pour être le plus réactif possible. Voire pour être préventif. C’est possible d’aller dans cette direction.

Comment faire concrètement ?

Tout d’abord avec des tests salivaires. Les études s’accumulent pour montrer que la RT-PCR pratiquée sur des prélèvements salivaires donne des tests presque aussi performants qu’avec des prélèvements naso-pharyngés. Passer aux salivaires facilite énormément le déploiement de tests : pas besoin d’un technicien en tenue de cosmonaute pour faire un prélèvement. On pourrait le faire chez soi. Donc bien plus rapidement et de façon répétée. Deuxièmement, il serait intéressant d’utiliser une méthode bien connue appelée le pooling : on mélange les échantillons d’un groupe de personnes et on teste le tout. Ce qui permet de dire soit tout le monde est négatif, soit il y a au moins une personne positive dans le lot. C’est moins précis que des tests individuels, évidemment, mais l’intérêt est notamment de pouvoir sécuriser préventivement les communautés les plus à même de devenir des clusters. Prenez par exemple un Ehpad : on pourrait faire deux fois par semaine des prélèvements salivaires de tous les résidents et personnels, mélanger le tout et tester. Cela permettrait de détecter un cluster potentiel au plus tôt. On pourrait faire de même avec des entreprises, des écoles…

Vous remettez aussi en question l’isolement de 14 jours. Pourquoi ? Quelle serait l’alternative ?

Il s’agit de viser des mesures réellement efficaces mais aussi proportionnées. Aujourd’hui, les personnes mises en quatorzaine ne sont souvent pas ou plus contagieuses – rappelons que la contagiosité chute 7 jours après le début des symptômes. Une analyse publiée par le New-York Times le 29 août estime que, sur des ensembles de cas testés positifs – et donc placés en isolement - cet été sur la côte Est des Etats-Unis, 90% n’étaient pas contagieux… Une étude de Harvard Medical School publiée quelques jours plus tôt permet de comprendre pourquoi : des patients non contagieux portant de très faibles quantités de virus ou de simples débris de virus peuvent être positifs à la PCR. Il ne s’agit pas de faux positifs, mais de l’usage à contre-emploi d’un test diagnostic comme un test de contagiosité. En Allemagne, le virologue Christian Drosten, très écouté, propose une approche différente pour les clusters : plutôt que de retracer et tester laborieusement les cas contacts pour mettre les positifs en quatorzaine, isolons immédiatement tous les cas contacts, sans les tester, mais seulement pendant 7 jours. Après quoi, on les teste par RT-PCR en définissant un niveau d’amplification, c’est-à-dire un nombre de cycles de PCR, au-delà duquel on considère qu’il n’y a plus de risque significatif. Ils peuvent alors reprendre leurs activités.

N'est-ce pas risqué ?

Quand bien même on laisserait ainsi passer certaines personnes potentiellement contagieuses, le surcoût sanitaire serait faible puisqu’elles seraient loin d’excréter beaucoup de virus. En revanche, pour ces personnes et la société, le gain de passer de 14 à 7 jours d’isolement serait élevé. C’est une piste. L’idée au fond est d’éviter un confinement individuel qui n’est pas vraiment utile tout en étant plus efficace. Si l’on ne change pas la façon d’utiliser les tests RT-PCR pour prévenir les contagions, nous allons confiner des dizaines de milliers de gens pour rien ou presque. Au rythme actuel, on atteindra dans deux semaines 10 000 à 15 000 nouveaux cas par jour en France. Et autant de personnes isolées pendant 15 jours. L’impact social va finir par être très lourd, avec des entreprises pénalisées, des classes et écoles qui ferment. Il s’agit de mettre en œuvre un confinement à la fois plus efficace, plus déployable, et à la fois moins pénalisant. En utilisant toujours la RT-PCR : nous entendons que les tests RT-PCR donnent de nombreux faux positifs, c'est faux. Ce test est très fiable mais son usage comme test de contagiosité impose des adaptations, et notamment de prendre en compte le niveau d'amplification pour avoir une mesure plus quantitative. Espérons enfin que l'apport rapide de nouvelles techniques nous permette d'agir plus en amont, préventivement, pour sécuriser les communautés et maintenir le plus possible les activités, de façon sécurisée

alain_p · « **Réponse #3436 le:** 10 septembre 2020 à 22:00:54 »

Citation de: Thornhill le 10 septembre 2020 à 19:39:02

Pour moi une vague épidémique c'est un pic (cas&mortalité), suivie d'une décroissance nette et continue.
Mais tu peux mettre le mot que tu veux derrière ce phénomène.

Avec ta définition, n'importe quoi devient une vague. L'épidémie saisonnière, avec un pic généralement entre Janvier et Mars, devient une vague. L'épidémie de gastro-entérite, qui connait en général un pic vers les fêtes de fin d'année, devient une vague. Les allergies, qui culminent au printemps avec le pollen, deviennent une vague etc...

Il faut être sérieux. Ce qui est exceptionnel avec l'épidémie de Covid-19, c'est qu'on l'a vue arriver en Mars comme une vague qui allait submerger les hôpitaux, et faire selon certains entre 300.000 et 500.000 rien qu'en France. Et le confinement a été décrété pour limiter au maximum la hauteur de cette vague, et que les hôpitaux puissent au maximum y faire face.

On n'est pas encore dans cette configuration là, mais cela peut revenir, normalement en moins haut quand même, cet hiver. C'est pourquoi il ne fait pas que les épidémies de grippe et de Covid-19 tombent en même temps, car alors les hôpitaux auraient bien du mal à faire au deux ensemble...

En attendant, laissez nous respirer et travailler sereinement...

Thornhill · « **Réponse #3437 le:** 10 septembre 2020 à 23:02:14 »

Citation de: alain_p le 10 septembre 2020 à 22:00:54

Avec ta définition, n'importe quoi devient une vague. L'épidémie saisonnière, avec un pic généralement entre Janvier et Mars, devient une vague. L'épidémie de gastro-entérite, qui connait en général un pic vers les fêtes de fin d'année, devient une vague. Les allergies, qui culminent au printemps avec le pollen, deviennent une vague etc...

Oui, on appelle ça une vague épidémique, c'est un peu le principe.

Concernant la grippe saisonnière, dans l'hémisphère sud, il n'y a pas eu de vague épidémique de grippe habituelle dans plusieurs pays de référence, certains attribuent ça aux mesures prises, ce que justement on tente de faire respecter maintenant pour limiter les transmissions, parce qu'une fois que les hôpitaux seront débordés, ce sera beaucoup trop tard pour le faire, mais difficile de faire comprendre ça à certains réfractaires.

alain_p · « **Réponse #3438 le:** 10 septembre 2020 à 23:05:04 »

Citation de: Nico le 05 septembre 2020 à 14:12:31

Pour toi qui semble connaître les labos ou qqn d'autre, un tests PCR si je comprends bien nécessite de cultiver un peu la matière.

Quel est le temps minimum pour pouvoir raisonnablement sortir un test positif ou négatif ?

Tiens, une petite contribution au débat. Selon un article du Monde, on ferait en France beaucoup de cycles RT-PCR pour détecter le virus, et déclarer un échantillon positif, alors qu'en fait la charge de virus est faible, et la personne peu contagieuse. Certains conseillent de limiter le nombre de cycles pour déclarer une personne positive.

On en revient à ce qui a été dit précédemment, il ne faut pas se contenter de blanc ou noir, il faut indiquer la charge virale.

Citer

Afin de chercher le virus, qui est présent en petite quantité dans les échantillons analysés, la technique PCR consiste en quelque sorte à « zoomer » en multipliant une séquence génétique connue. Cela se fait au travers de cycles successifs : plus on les accumule, plus on est capable de détecter d’infimes traces de virus.

Or, les connaissances accumulées depuis l’apparition du coronavirus SARS-CoV-2 montrent que plus la charge virale (la quantité de virus présente dans l’organisme) est élevée, plus un patient serait contagieux. Au-delà de savoir si un test est « positif » ou « négatif », il est donc pertinent, selon certains spécialistes, de tenir compte du nombre de cycles d’amplification génétique (dits CT) nécessaires à la détection du virus.

Alors que la plupart des tests pratiqués aux Etats-Unis font 37 ou 40 cycles, plusieurs spécialistes interrogés par le New York Times estiment que la limite devrait être fixée à 35 ou 30 cycles, voire encore moins, pour considérer un test comme « positif » – ou, du moins, pour considérer qu’un patient serait contagieux.

En France, les tests pratiqués réalisent entre 40 et 45 cycles, selon le conseil scientifique Covid-19. Le sujet était évoqué dans un avis publié le 27 juillet : « Des valeurs de CT élevées sont souvent le reflet d’une quantité de virus faible ou nulle (débris de virus) signalant que la personne testée ne présente pas de risque. »

https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2020/09/09/covid-19-l-hypersensibilite-des-tests-pcr-entre-intox-et-vrai-debat_6051528_4355770.html

spectrolazer · « **Réponse #3439 le:** 11 septembre 2020 à 07:59:19 »

Le besoin initial concernant les tests étaient de fournir une information de positivité, les séquences des machines ont été paramétré pour cela, le nombre de cycles établis en conséquence et avec la connaissance du virus à ce moment.
On en revient toujours au même problème, si le besoin change, il faut adapter le protocole des tests.
Il semble assez problématique de trouver et d'implémenter une règle liant la contagiosité et le nombre de cycles.

alain_p · « **Réponse #3440 le:** 11 septembre 2020 à 08:33:34 »

Oui, bah en attendant, rien n'empêche d'indiquer le nombre de cycles (CT) pour que la détection du virus soit obtenue, qui est une indication de la charge virale. Après, c'est au médecin de l'interpréter, comme pour d'autres tests. De plus, en cas de tests multiples à quelques jours d'intervalles, cela permettrait de savoir si la charge virale augmente, est stable, ou en baisse, ce qui est une indication importante pour interpréter l'évolution de l'infection.

Cochonou · « **Réponse #3441 le:** 11 septembre 2020 à 08:34:20 »

Surtout qu’actuellement, vu la circulation du virus globale, on ne peut pas dire que l’on met trop en quarantaine les gens... même si des cas individuels peuvent exister. Le délai pour les tests est ce qu’il y a de plus problématique, et à ce titre la technique du pooling évoquée plus haut pourrait en effet être plus intéressante.

spectrolazer · « **Réponse #3442 le:** 11 septembre 2020 à 08:42:29 »

Citation de: alain_p le 11 septembre 2020 à 08:33:34

Oui, bah en attendant, rien n'empêche d'indiquer le nombre de cycles (CT) pour que la détection du virus soit obtenue, qui est une indication de la charge virale. Après, c'est au médecin de l'interpréter, comme pour d'autres tests. De plus, en cas de tests multiples à quelques jours d'intervalles, cela permettrait de savoir si la charge virale augmente, est stable, ou en baisse, ce qui est une indication importante pour interpréter l'évolution de l'infection.

Yakafokon !
Bien sur, on fait ça comme on installe une mise à jour d'applications.

C'est du médical, ça se valide, n'en déplaise à certains phocéens.
Les analyses de résultats restent dans le labo et les complexifier risque de poser problème sur la charge des techniciens, deja bien importante...

spectrolazer · « **Réponse #3443 le:** 11 septembre 2020 à 08:44:45 »

Citation de: Cochonou le 11 septembre 2020 à 08:34:20

Surtout qu’actuellement, vu la circulation du virus globale, on ne peut pas dire que l’on met trop en quarantaine les gens... même si des cas individuels peuvent exister. Le délai pour les tests est ce qu’il y a de plus problématique, et à ce titre la technique du pooling évoquée plus haut pourrait en effet être plus intéressante.

Le pooling n'est éthiquement pas approuvé en France et l'appliquer est problématique et remettrait en question tout le protocole (en premier lieu, prélèvement actuel insuffisant)
En mars, on ne pouvait pas faire autant de tests mais les résultats étaient rendus à temps : si il existait une priorité définie médicalement pour les tests, les choses seraient différentes...