Auteur Sujet: Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie  (Lu 1195532 fois)

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spectrolazer

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #3324 le: 05 septembre 2020 à 15:11:06 »
Pour toi qui semble connaître les labos ou qqn d'autre, un tests PCR si je comprends bien nécessite de cultiver un peu la matière.

Quel est le temps minimum pour pouvoir raisonnablement sortir un test positif ou négatif ?
Pour un matériel particulier, 15 cycles suffisent à détecter un positif très virulent, 30-40 pour un peu virulent.
Au dela, le test est négatif.
Tous les prélèvements d'une plaque font tous les cycles,  3h30 au mini, le nombre dépendant de la machine.

Pas de contamination par d'autres positifs! Prélèvement isolé dès le début , le protocole empêche tout croisement.

Les faux négatifs sont surtout dûs à un prélèvement mal effectué,  sans suffisament de matière.

Nico

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #3325 le: 05 septembre 2020 à 15:14:06 »
Donc 3H30 pour 15 cycles ? Le double pour 30 ?

spectrolazer

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #3326 le: 05 septembre 2020 à 15:31:22 »
Non systématiquement  3h30, résultats à la fin des 40 cycles.
En gros, tu poses une plaque de prélèvements,  cela tourne 3h30 pour faire une 40aine de cycles, ensuite les résultats sortent (courbes) et donne la charge pour chaque prélèvement par cycle (type logarithmique).

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/probe/docs/techqpcr/
« Modifié: 05 septembre 2020 à 15:57:30 par spectrolazer »

alain_p

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #3327 le: 05 septembre 2020 à 16:09:11 »
La fiabilité des tests dépend aussi semble-t-il de la qualité des réactifs. En Meurthe et Moselle, en Juin dernier, il y a eu de nombreux faux positifs à cause de réactifs défectueux :

Citer
Pas de flambée des cas de Covid-19 en Meurthe-et-Moselle malgré les chiffres de l’agence régionale de santé : finalement, le CHRU de Nancy a annoncé que plusieurs dizaines de tests sont revenus positifs « à cause d’un réactif de mauvaise qualité ». Selon le professeur Christian Rabaud, infectiologue et président de la commission médicale d’établissement du CHRU de Nancy : «  C’est un phénomène qui a touché la toute fin de semaine dernière, vendredi 19 […] On ne s’est pas trompé de réactif mais il peut y avoir de temps en temps dans un lot un réactif de mauvaise qualité. Ce réactif, qu’on a re-testé était défaillant. On l’a signalé à la réactovigilance pour prévenir d’autres établissements qui utiliseraient le même réactif.  »

https://www.lavoixdunord.fr/769556/article/2020-06-25/tests-de-depistage-du-covid-19-pourquoi-y-t-il-tant-de-faux-positifs

alain_p

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #3328 le: 05 septembre 2020 à 16:21:03 »
Le souci des résultats de tests PCR menés actuellement est aussi qu'ils sont trop binaires et ne disent rien de la contagiosité : les amplifications successives font remonter positif le moindre brin d'ARN viral.
Certains spécialistes comme l'allemand Drosten souhaiteraient bénéficier plutôt d'une mesure de charge virale significative qui permettrait d'avoir une politique d'isolation plus ciblée sur les contaminateurs réels, ils sont aussi pour une isolation plus précoce mais plus courte, de l'ordre de 5 jours.
On sait désormais par exemple que l'intérêt d'isoler 14 jours après résultat du test les cas contacts asymptomatiques est discutable, car leur contagiosité réelle se situe dans les premiers jours et décroit très rapidement.

Bon, tout ceci n'est pas simple à organiser, évidemment on tâtonne.

Effectivement, il serait très préférable d'utiliser les taux de virus, permettant d'avior une politique au cas par cas, plutôt qu'un résultat binaire, négatif/positif. Pourtant, il me semble que les tests PCR donnent bien cette charge en virus. Elle est d'ailleurs utilisée en hôpital.

spectrolazer

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #3329 le: 06 septembre 2020 à 16:44:45 »
Aujourd'hui les données de taux de positivité ne font pas partie des résultats standards proposés par les automates.
Les données sont certainement connues lors du traitement mais non fournies en résultat , sous forme graphique (la demande émanant des biologistes, organismes ..formulant leur desiderata considérait probablement que cela n'était pas utile cliniquement  parlant).

alain_p

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« Réponse #3330 le: 06 septembre 2020 à 18:07:21 »
C'est bien dommage et certainement à corriger.

Thornhill

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #3331 le: 06 septembre 2020 à 20:54:41 »
Comme c'était prévisible depuis quelques semaines compte tenu des taux de positivité se diffusant dans les classes d'age plus élevées, situation désormais préoccupante dans les hôpitaux des Bouches du Rhône:

https://www.laprovence.com/article/papier/6099637/les-reanimations-face-a-une-2e-vague-de-malades.html#xtor=Nonli

underground78

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #3332 le: 06 septembre 2020 à 21:21:36 »
Il y a dans mon entourage élargie une personne (très) âgée qui vient d'être testée positive au COVID-19 pour la deuxième fois avec des tests négatifs entre temps. Elle est pour l'instant asymptomatique, comme la première fois.

Je ne me rappelle plus exactement de la chronologie mais elle a été testée positive pour la première fois en avril/mai par un test PCR. Elle a plus tard été testée négative en test PCR et positive en test sérologique (présence d'anticorps confirmant l'infection). Et là, elle a à nouveau été testée positive à l'occasion d'un test PCR de routine.

C'est pas très rassurant... :(

alain_p

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #3333 le: 06 septembre 2020 à 21:22:40 »
Seulement 70 lits de réanimation dans les bouches du Rhône ? Cela me parait bien peu (comparé aux 14.000 lits de réanimation/soins intensifs qui seraient maintenant disponibles en France. Je suppose que les autres lits sont occupés par d'autres malades. Rien qu'à l'IHU Méditerranée, il me semble qu'il y a 25 lits de réanimation.

P.S : on est montés à 268 malades Covid-19 en Avril dernier en réanimation, alors que les Bouches du Rhône étaient loin d'être le département le plus touché, et accueillaient même des malades venus d'ailleurs (Corse...). Voir graphique Geodes. On affole peut-être les populations un peu vite, comme d'habitude ?

Nico

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #3334 le: 06 septembre 2020 à 21:36:42 »
Ce que dit l'article à propos de l'APHM :
* 50 lits de réa COVID occupés par des patients COVID
* 20 lits de réa COVID disponibles
* 107 lits de réa occupés par des patients COVID le 9 avril
* 230 malades hospitalisés en unité dédiée le 9 avril

-> il y a >70 lits de réa dans les Bouches du Rhône, cela ne fait aucun doute (mais passé 70 ça pourrait prendre des places sur les patients "normaux")
-> la journaliste n'est pas en phase avec cette lecture de Geodes (qui comptes réa + SI), mais l'ordre de grandeur correspondrait aux patients en "unité dédiée" annoncés

Concernant l'IHU, je lis dans leur plaquette à propos de ces 25 lits :

Soins intensif et réanimation des patients contagieux adultes et enfants possible avec des équipes dédiées

Dans mes souvenirs, la problématique des lits de réa était à la fois matérielle mais aussi humaine.

alain_p

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #3335 le: 06 septembre 2020 à 21:41:45 »
Oui, en effet, en unité dédiée. Ce que je retiens de l'article, c'est qu'en gros, on ne veut plus repousser les autres opérations, donc on ne veut pas dédier tous les lits disponibles aux cas Covid-19.

Ce que je note aussi dans l'article, c'est à propos de la saturation des laboratoires de tests. Pouvoir déclarer que l'on a fait 1 millions de tests par semaine, c'est bien, mais peut-être est-ce un peu trop quand même, surtout si on ne peut pas avoir les résultats rapidement. Et cela ne sert à rien de se faire tester si on n'est pas cas contact, et pas symptomatique. Le fait qu'il n'y a plus besoin d'ordonnances peut conduire à des abus.

Par contre, si on est cas contact, je ne suis pas d'accord avec ce qui est écrit, il faut pouvoir être testé rapidement, pour éviter de propager à d'autres :

Citer
"Il faut aussi rappeler aux gens que s'ils sont cas contacts, il ne sert à rien de se faire tester tout de suite : le virus peut ne pas encore être détectable." Et "si vous n'êtes pas contact et n'avez pas de fièvre, de même, ne venez pas..." Cependant, une personne sur deux est aujourd'hui asymptomatique, ce qui complique encore les opérations de tracing entreprises par la Caisse primaire d'assurance maladie et l'Agence régionale de santé.