Auteur Sujet: Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie (Lu 1195333 fois)

Thornhill · « **Réponse #3264 le:** 28 août 2020 à 10:32:47 »

Autant je comprends et trouve raisonnable les mesures en espaces clos, autant l'imposition du masque en extérieur me semble une ineptie, on voit bien que ça aboutit à des situations ubuesques comme on le voit, alors même qu'il n'y a pas de base scientifique.
Les études semblent affirmer que c'est la charge virale absorbée qui est prépondérante dans la transmission, en extérieur ça doit être totalement négligeable compte tenu de la dispersion.

On va nuire inutilement à l'adhésion aux autres mesures qui elles ont une efficacité prouvée.

Bon, j'ai peut-être loupé un truc dans le raisonnement....

spectrolazer · « **Réponse #3265 le:** 28 août 2020 à 11:00:52 »

Le principe de précaution face à un virus dont on ne connait pas grand chose.

Le cas non maîtrisé des supercontaminateurs semble en particulier être une raison des mesures drastiques.

alain_p · « **Réponse #3266 le:** 28 août 2020 à 11:05:46 »

Ou plutôt une mesure politique simple pour montrer que l'on fait quelque chose, même si cela ne sert à rien... On commence à connaitre pas mal de choses sur le virus.

spectrolazer · « **Réponse #3267 le:** 28 août 2020 à 11:11:32 »

Quand on connait les caractéristiques d'un phénomène quel qu'il soit, on l'endigue rapidement...

Thornhill · « **Réponse #3268 le:** 28 août 2020 à 11:45:14 »

La progression continue en Espagne, hospitalisations et soins intensifs :

Thornhill · « **Réponse #3269 le:** 28 août 2020 à 11:54:22 »

Une analyse, sur le toujours très intéressant blog de Marc Gozlan, du premier cas prouvé de réinfection annoncé il y a quelques jours en Chine :

https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2020/08/28/covid-19-premier-cas-documente-de-reinfection/

Covid-19 : premier cas documenté de réinfection

Des chercheurs de Hong Kong rapportent un cas de réinfection par le coronavirus SARS-CoV-2 quatre mois et demi après une première infection. Il s’agit du premier cas documenté de réinfection par le coronavirus responsable de la Covid-19 publié dans la littérature médicale, l’analyse génétique du génome viral ayant montré que la souche de coronavirus identifiée lors de la première infection était différente de celle responsable de second épisode infectieux.

Publié en ligne le 25 août 2020 dans la revue Clinical Infectious Diseases, ce cas clinique concerne un homme de 33 ans résidant à Hong Kong.

La première infection par le SARS-CoV-2 avait entraîné une toux avec crachats, un mal de gorge, de la fièvre et des maux de tête pendant trois jours. Le diagnostic de Covid-19 avait été confirmé le 26 mars par un test salivaire PCR. Le patient avait été hospitalisé trois jours plus tard et était sorti de l’hôpital deux semaines plus tard après que deux tests PCR, réalisés par écouvillonnage nasopharyngé et oropharyngé, aient été négatifs. Les médecins ne disposent que d’un unique prélèvement sanguin provenant de la première infection. Il s’avère que la sérologie était toujours négative dix jours après le début des symptômes.

Lors du second épisode infectieux, le patient était de retour à Hong Kong après avoir séjourné en Espagne et être passé par le Royaume-Uni. Réalisé à l’aéroport le 15 août à son retour à Hong Kong, le test salivaire s’était révélé positif.

Patient asymptomatique lors de la réinfection

À nouveau hospitalisé, le patient est resté tout le temps asymptomatique. En particulier, sa température corporelle était de 36,5 °C et la saturation artérielle en oxygène était normale (98 % en air ambiant). L’examen clinique ne montrait rien de particulier. De même, la radiographie pulmonaire n’a révélé aucune anomalie. Le bilan sanguin a montré une élévation de la protéine C réactive (CRP), marqueur biologique d’une inflammation. La charge virale, évaluée par PCR sur les échantillons de salive orophrayngée, a progressivement diminué au cours de l’hospitalisation.

Les médecins indiquent que la sérologie était négative le lendemain du second épisode infectieux (absence de détection d’anticorps IgG dirigés contre le SARS-CoV-2). La sérologie n’est revenue positive que le cinquième jour d’hospitalisation, indiquant donc qu’il s’agissait d’une véritable infection aiguë.

Selon les auteurs, il est possible que le patient n’ait pas développé une réponse en anticorps après la première infection, mais il est difficile de l’affirmer dans la mesure où le seul prélèvement sanguin disponible était celui réalisé au 10ème jour après le début des symptômes. Or des études antérieures ont montré que certains patients ne développent des anticorps qu’après deux à trois semaines après le début des symptômes. Autre possibilité : le patient avait bien développé des anticorps mais en faible quantité, avec un taux se situant en-deçà de la limite de détection de la technique utilisée.

Cette diminution du taux d’anticorps est bien documentée. Publiée en août 2020 dans Nature, une étude américaine a montré que 33 % des 149 patients analysés ne présentaient plus d’anticorps neutralisants pendant la phase de convalescence (en moyenne 39 jours après le début des symptômes). De même, des travaux publiés en août dans la revue Nature Medicine par une équipe chinoise ont montré que 40 % des 47 patients asymptomatiques analysés ne possédaient plus d’anticorps huit semaines après l’infection (sérologie devenue négative en phase précoce de convalescence).

Des souches virales génétiquement différentes

Une analyse génomique a été réalisée lors du premier épisode infectieux en mars et lors du second en août. Au total, 142 jours séparent la première et la seconde infection.

La comparaison de la totalité du génome viral a montré que la première souche virale diffère de la seconde, acquise en Europe. Il ne s’agit pas du même variant. En effet, le premier génome viral correspond à une souche appartenant à la lignée (clade, en anglais) V, alors que la seconde souche correspond au clade G*. Le premier génome est étroitement apparenté aux souches virales collectées en mars et avril 2020 aux États-Unis et en Angleterre. En revanche, le second génome est proche de celui des souches virales isolées en Suisse et en Angleterre en juillet et août 2020.

Selon les chercheurs du Queen Mary Hospital de Hong Kong, ces résultats montrent que « la souche virale détectée lors du second épisode infectieux est complètement différente de la souche trouvée lors du premier épisode ». Et d’ajouter que « l’analyse génétique a permis de différencier une réinfection d’une infection virale persistante ».

Une excrétion virale persistante a en effet été décrite dans de rares cas. Le cas d’une femme enceinte présentant un test PCR positif plus de trois mois (104 jours) après un premier test positif a été rapporté.

Les auteurs ne manquent pas de souligner qu’une réinfection est fréquente avec les coronavirus saisonniers 229E, OC43, NL63, HKU, responsables de rhumes banals. Selon eux, la confirmation, sur les plans épidémiologique, clinique, sérologique et génomique, d’un cas de réinfection quelques mois après une première infection, a cependant d’importantes implications.

Cette observation clinique devrait inciter à mener des recherches sur l’éventualité d’une réinfection dans la mesure où cela apparaît indispensable en matière de recherche vaccinale. En effet, selon les chercheurs, « la vaccination devrait également être envisagée chez les patients ayant déjà présenté un épisode de Covid-19 ». Enfin, ils soulignent que « même les patients ayant présenté une infection Covid-19 devraient appliquer les mesures de contrôle épidémiologique [gestes barrières] tels que le port du masque et la distanciation sociale ».

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* Le séquençage des souches de coronavirus SARS-CoV-2 a montré la présence dans le premier génome d’un codon stop en position 64 sur la protéine accessoire ORF8, entraînant une perte de 58 acides aminés. Les deux génomes diffèrent également au niveau de 23 nucléotides, dont 13 sont des mutations non synonymes, avec pour conséquence des changements en acides aminés. Cette différence entre les deux génomes viraux est localisée dans la protéine S (spike) ainsi que dans huit autres protéines structurelles, non structurelles et accessoires. Les deux souches virales diffèrent notamment au niveau de quatre acides aminés dans la protéine spike. Deux d’entre eux, en position 222 et 614, sont localisés dans des épitopes B immunodominants. L’acide aminé en position 222 est également un site potentiel impliqué dans la réponse cellulaire T CD4+.

Pour en savoir plus :

To KK, Hung IF, Ip JD, et al. COVID-19 re-infection by a phylogenetically distinct SARS-coronavirus-2 strain confirmed by whole genome sequencing. Clin Infect Dis. Clin Infect Dis.;ciaa1275. doi:10.1093/cid/ciaa1275

Robbiani DF, Gaebler C, Muecksch F, et al. Convergent antibody responses to SARS-CoV-2 in convalescent individuals. Nature. 2020;584(7821):437-442. doi:10.1038/s41586-020-2456-9

Long QX, Tang XJ, Shi QL, et al. Clinical and immunological assessment of asymptomatic SARS-CoV-2 infections. Nat Med. 2020;26(

:1200-1204. doi:10.1038/s41591-020-0965-6

Molina LP, Chow SK, Nickel A, Love JE. Prolonged Detection of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) RNA in an Obstetric Patient With Antibody Seroconversion. Obstet Gynecol. [published online ahead of print, 2020 Jul 21];10.1097/AOG.0000000000004086. doi:10.1097/AOG.0000000000004086

Kaelhan · « **Réponse #3270 le:** 28 août 2020 à 12:43:49 »

Citation de: alain_p le 28 août 2020 à 11:05:46

Ou plutôt une mesure politique simple pour montrer que l'on fait quelque chose, même si cela ne sert à rien... On commence à connaitre pas mal de choses sur le virus.

Si je suis ton raisonnement, tous les pays qui ont imposé le port du masque en extérieur ne l'ont fait que pour des raisons politiques et aucunement pour des raisons sanitaires.
Est-ce bien cela ?

spectrolazer · « **Réponse #3271 le:** 28 août 2020 à 13:51:50 »

Citation de: Thornhill le 28 août 2020 à 11:54:22

Une analyse, sur le toujours très intéressant blog de Marc Gozlan, du premier cas prouvé de réinfection annoncé il y a quelques jours en Chine :

Il y a forcément un risque de souches multiples:
Le vaccin de la grippe saisonnière contient 4 souches différentes prises à différents endroits du monde , potentiellement les plus virulentes, et ne garantit qu'à 80% l'immunité, il est conçu le plus tardivement possible pour éviter le maximum de mutations...

eruditus · « **Réponse #3272 le:** 28 août 2020 à 14:13:28 »

Citation de: Thornhill le 28 août 2020 à 11:45:14

La progression continue en Espagne, hospitalisations et soins intensifs :

Ils devraient faire comme en France, rendre le port du masque obligatoire à l'extérieur.

Kaelhan · « **Réponse #3273 le:** 28 août 2020 à 17:27:09 »

Citation de: eruditus le 28 août 2020 à 14:13:28

Ils devraient faire comme en France, rendre le port du masque obligatoire à l'extérieur.

Tu sais que c'est déjà le cas

alain_p · « **Réponse #3274 le:** 28 août 2020 à 18:13:51 »

Citation de: Thornhill le 28 août 2020 à 11:54:22

Patient asymptomatique lors de la réinfection

À nouveau hospitalisé, le patient est resté tout le temps asymptomatique. En particulier, sa température corporelle était de 36,5 °C et la saturation artérielle en oxygène était normale (98 % en air ambiant). L’examen clinique ne montrait rien de particulier. De même, la radiographie pulmonaire n’a révélé aucune anomalie.
....

Des souches virales génétiquement différentes

Une analyse génomique a été réalisée lors du premier épisode infectieux en mars et lors du second en août. Au total, 142 jours séparent la première et la seconde infection.

La comparaison de la totalité du génome viral a montré que la première souche virale diffère de la seconde, acquise en Europe. Il ne s’agit pas du même variant. En effet, le premier génome viral correspond à une souche appartenant à la lignée (clade, en anglais) V, alors que la seconde souche correspond au clade G*. Le premier génome est étroitement apparenté aux souches virales collectées en mars et avril 2020 aux États-Unis et en Angleterre. En revanche, le second génome est proche de celui des souches virales isolées en Suisse et en Angleterre en juillet et août 2020.
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Apparemment, le clade G, c'est la souche G614, qui aurait remplacé la première, D614, en Europe, en Mai/Juin, et qui a été dite moins virulente que la première, et selon un chercheur singapourien, pourrait expliquer que les nouvelles contaminations soient majoritairement asymptomatiques en Europe... En tout cas, cela ressemble à cette explication.

Thornhill · « **Réponse #3275 le:** 28 août 2020 à 18:27:08 »

Citation de: alain_p le 28 août 2020 à 18:13:51

Apparemment, le clade G, c'est la souche G614, qui aurait remplacé la première, D614, en Europe, en Mai/Juin, et qui a été dite moins virulente que la première, et selon un chercheur singapourien, pourrait expliquer que les nouvelles contaminations soient majoritairement asymptomatiques en Europe... En tout cas, cela ressemble à cette explication.

Comme déjà dit plusieurs fois, la G614 était la souche ultra-majoritaire présente en France, Italie et à New York lors des pics épidémiques.
Toujours pas saisi l'erreur de raisonnement ? 30000 morts asymptomatiques ?
Je te remets encore les graphiques de l'étude (bleu = G614, jaune = D614) :