Auteur Sujet: Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie  (Lu 1196265 fois)

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alain_p

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #3108 le: 21 août 2020 à 14:20:15 »
Je ne sais pas si vous avez lu ou entendu l'information selon laquelle ce serait une nouvelle souche du virus sars-cov-2 qui serait plus contagieuse, mais moins mortelle, la souche D614G, apparue d'abord en Asie du Sud Est, qui serait devenue maintenant dominante en Europe (78% des cas) ? Cela pourrait expliquer une augmentation des tests positifs sans que le nombre d'hospitalisations ou de cas en réanimation n'augmente. Et que l'épidémie serait devenue moins meurtrière.

Citer
Covid-19 : une mutation aurait-elle rendu le virus plus contagieux mais moins virulent?

 Selon certains chercheurs, une variante du SARS-CoV-2 pourrait le rendre plus infectieux mais moins meurtrier. Explications.

Une mutation du virus SARS-CoV-2 a-t-elle rendu le Covid-19 plus contagieux mais moins virulent ? C'est en tout cas l'hypothèse soulevée par plusieurs chercheurs. Selon une étude publiée dans la revue Cell, la variante du virus qui domine aujourd'hui dans le monde infecte plus facilement les cellules que celle qui est apparue à l'origine en Chine, ce qui la rend probablement plus contagieuse entre humains.

Mutation génétique

Après sa sortie de Chine et son arrivée en Europe, une variante du nouveau coronavirus, qui mute en permanence comme tout virus, est devenue dominante, et c'est cette version européenne qui s'est ensuite installée aux États-Unis. La variante, nommée D614G, concerne une seule lettre de l'ADN du virus, à un endroit contrôlant la pointe avec laquelle il pénètre les cellules humaines.

https://www.lexpress.fr/actualite/sciences/covid-19-une-mutation-aurait-elle-rendu-le-virus-plus-contagieux-mais-moins-virulent_2133261.html
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420308205

Thornhill

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #3109 le: 21 août 2020 à 14:39:23 »
Je ne sais pas si vous avez lu ou entendu l'information selon laquelle ce serait une nouvelle souche du virus sars-cov-2 qui serait plus contagieuse, mais moins mortelle, la souche D614G, apparue d'abord en Asie du Sud Est, qui serait devenue maintenant dominante en Europe (78% des cas) ? Cela pourrait expliquer une augmentation des tests positifs sans que le nombre d'hospitalisations ou de cas en réanimation n'augmente. Et que l'épidémie serait devenue moins meurtrière.

Bêtises de journalistes qui ont mal lu l'étude.
G614 était majoritaire dès mars en Europe (en bleu sur l'image), donc le raisonnement ne tient pas, et d'ailleurs l'article original ne dit pas que la souche est moins mortelle, simplement qu'elle serait plus contagieuse car induisant une charge virale plus élevée et une mortalité équivalente.

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420308205

In infected individuals, G614 is associated with lower RT-PCR cycle thresholds, suggestive of higher upper respiratory tract viral loads, but not with increased disease severity.

L'explication plus crédible du faible impact sur les hospitalisations actuelles par rapport aux contaminations est la population contaminée : essentiellement les jeunes. Cf scénario de la Floride de juin, comme indiqué plus haut. Les hospitalisations devraient croitre si ça continue à diffuser dans les populations plus âgées, comme ça a commencé depuis 2 semaines si l'on en croit les taux de positivité.

Thornhill

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #3110 le: 21 août 2020 à 15:02:06 »
Un article plus sérieux qui en faisait une synthèse début juillet, déjà :

https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/tag/g614/

alain_p

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #3111 le: 21 août 2020 à 15:50:48 »
C'est quand même un peu rapide de dire que ce sont des bêtises de journalistes, car c'est en fait basé sur des déclarations d'un infectiologue de Singapour, Paul Tambyah, président de la Société internationale des maladies infectieuses, rapportées par Reuters :

Coronavirus: Une souche mutée plus infectieuse pourrait être moins meurtrière, selon un chercheur singapourien

SINGAPOUR (Reuters) - Une mutation du virus SARS-CoV-2 de plus en plus répandue en Europe, en Amérique du Nord et dans certaines régions de l’Asie, à l’origine d’une souche qui semble plus infectieuse que la forme originelle du nouveau coronavirus, pourrait cependant être moins meurtrière, d’après un infectiologue singapourien

Selon Paul Tambyah, consultant senior à l’Université nationale de Singapour et président élu de la Société internationale des maladies infectieuses, les données disponibles suggèrent que la prolifération de la mutation D614G dans certaines régions du monde a coïncidé avec une baisse des taux de mortalité, suggérant que cette mutation est à l’origine d’une variante moins meurtrière du nouveau coronavirus.

“Peut-être que c’est une bonne chose d’avoir un virus plus infectieux mais moins meurtrier”, a déclaré Paul Tambyah à Reuters.

La plupart des virus ont tendance à devenir moins virulent quand ils mutent, a-t-il observé. “C’est dans l’intérêt du virus d’infecter davantage de gens mais sans les tuer, puisqu’un virus dépend de son hôte” pour survivre.


https://fr.reuters.com/article/World/idFRKCN25E0QE

Les récents articles de presse sont en fait basés sur cette nouvelle de Reuters d'il y a 3 jours. L'article du Monde est du 6 Juillet. Bon, maintenant, comme d'autres déclarations, cela demande à être confirmé.

Thornhill

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #3112 le: 21 août 2020 à 15:55:55 »

Les récents articles de presse sont en fait basés sur cette nouvelle de Reuters d'il y a 3 jours. L'article du Monde est du 6 Juillet. Bon, maintenant, comme d'autres déclarations, cela demande à être confirmé.

J'ai l'impression que tu n'as pas lu les éléments fournis.
Dommage.

alain_p

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #3113 le: 21 août 2020 à 16:46:04 »
Le Dr Tambyah aussi (en tout cas les articles scientifiques), non ? Il y a quelques commentaires d'autres spécialistes à ces déclarations, dont celle-ci, en anglais, prudente :

Citer
Prof Paul Hunter, Professor in Medicine, The Norwich School of Medicine, University of East Anglia, said:

“It is certainly plausible that a SARS-CoV-2 subtype would become more infectious and less deadly, but it is not clear what real evidence is behind this statement or whether it is simply a suggestion.

“It is certainly the case that the case fatality rate is falling across the world. There are however, other very good explanations for this decline. Firstly disease does seem to be spreading in younger people more now than was the case in March, April and May and as we all know the case fatality rate is substantially lower in younger people that in older people. This is the case within Europe and also the case globally with the disease now spreading in countries with much younger populations.  Second, as with all epidemics, as doctors’ experience at managing the disease increase they are become better at keeping patients alive. This is particularly the case with the finding that dexamethasone, a readily available drug, can cut the death rate in the most severely ill patients by about 20%. Finally as testing becomes more readily available we are now diagnosing a higher proportion of cases that a few months ago. In March and April we were generally only diagnosing the more seriously ill and, therefore, the people most likely to die. Just being able to add the numbers of mild illnesses to now being diagnosed to total figure will drop the case fatality rate.

“As already accepted the suggestion of the appearance of a less lethal strain is possible. However, proving that the declining case-fatality rate is because of this new strain and not due the factors discussed above will need more much more careful analysis.”

https://www.sciencemediacentre.org/expert-reaction-to-comments-made-by-paul-tambyah-president-elect-of-the-international-society-of-infectious-diseases-about-the-sars-cov-2-virus-suggesting-the-d614g-mutation-may-explain-a-reduced-d/

Johannol

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #3114 le: 21 août 2020 à 16:54:23 »
Thornhill: On pouvait voir avec sourire cette mutation, en complément de l'éventuelle immunité croisé, comme une sorte de vaccin gratuit qui se rependrait tout seul... Inutile de faire des campagnes de vaccination obligatoire... non, faites vous des bisous entre inconnus, et + si affinités  ;D
un truc à faire frémir les antivax et les actionnaires des laboratoires (voir états!) ayant investis des milliards dans la course au vaccin.
Et tu nous brise nos rêves, sacré Thornhill  :D mais merci   ;)

Thornhill

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #3115 le: 21 août 2020 à 16:55:30 »
Le Dr Tambyah aussi (en tout cas les articles scientifiques), non ? Il y a quelques commentaires d'autres spécialistes à ces déclarations, dont celle-ci, en anglais, prudente :

Tu devrais examiner plus sérieusement l'article que tu as toi-même cité :
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420308205

Et tu constateras que la souche G614 soit disant moins létale selon l'éminent Paul Tambyah est bien la souche qui a provoqué les milliers de morts en France, en Italie, en Allemagne, et pour bonne partie en Espagne, à New-York : c'était la souche prédominante en pleine épidémie, contrairement à la Chine.
Donc le raisonnement ne tient pas, à la rigueur on pourrait éventuellement tirer la conclusion inverse...
J'ai l'impression que certains journalistes se sont encore rués sur des déclarations improvisées d'un scientifique en mal de notoriété.




alain_p

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« Réponse #3116 le: 21 août 2020 à 17:57:34 »
Et tu constateras que la souche G614 soit disant moins létale selon l'éminent Paul Tambyah est bien la souche qui a provoqué les milliers de morts en France, en Italie, en Allemagne, et pour bonne partie en Espagne, à New-York : c'était la souche prédominante en pleine épidémie, contrairement à la Chine.
Donc le raisonnement ne tient pas, à la rigueur on pourrait éventuellement tirer la conclusion inverse...
J'ai l'impression que certains journalistes se sont encore rués sur des déclarations improvisées d'un scientifique en mal de notoriété.

A priori, en Europe, la nouvelle souche aurait commencé à prédominer en Europe mi-Mai (d'après les affirmations du Dr Tambyah), donc  après le pic de la vague, donc si cela pourrait tenir, mais cela manque de preuves formelles.

Jojo78

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #3117 le: 21 août 2020 à 18:23:53 »
Les graphes mis juste au-dessus semblent montrer l'inverse.

Thornhill

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #3118 le: 21 août 2020 à 18:28:53 »
A priori, en Europe, la nouvelle souche aurait commencé à prédominer en Europe mi-Mai (d'après les affirmations du Dr Tambyah), donc  après le pic de la vague, donc si cela pourrait tenir, mais cela manque de preuves formelles.

Tu lis les réponses ?
Les preuves du contraire sont dans l'article que tu as toi-même citée, dont j'ai repris les graphiques au-dessus  : en bleu la souche soit disant moins létale.

vivien

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #3119 le: 22 août 2020 à 10:58:04 »
Statistiques sur la pandémie de Coronavirus COVID-19, rapportées au nombre d'habitants par pays, mis à jour toutes les semaines, le samedi.

En France, on note la forte augmentation du nombre de nouveaux cas de covid-19 (tests positifs), mais en même temps, on note la chute du nombre de personnes hospitalisées : avec 4745 hospitalisations en cours, c'est le chiffre le plus bas (on dépassait 8000 début juillet). Le nombre de personnes en réanimation et de nouvelles admission en réanimation est en légère hausse.

En Europe, on note le rebond significatif en Belgique et en Espagne.

En Amérique, on est globalement sur un plateau. Le Pérou, le Brésil, le Mexique et le Panama restent à un niveau de décès par habitant très élevé.

Le PDF de la semaine : 202008_statistiques_covid-19_22aout2020.pdf


Page N°1/8 du PDF : Graphique pour la France et indicateurs sur le nombre d'admission en réanimation.

(cliquez sur l’image pour zoomer, le tableau est difficilement lisible sans zoom)




Page N°2/8 du PDF : Carte du taux d'incidence en France: nombre de nouveaux cas diagnostiqués de COVID-19 par semaine pour 100 000 habitants.




Page N°3/8 du PDF : Urgences hospitalières relatives à l’épidémie de COVID-19.





Page N°4/8 du PDF : Réanimations relatives à l’épidémie de COVID-19.





Page N°5/8 du PDF : Nombre de décès par semaine, rapporté par million d'habitants.





Tableaux :

Page N°6/8 du PDF : Tableau comparatif des pays 1/2.

(cliquez sur le tableau pour zoomer, le tableau est difficilement lisible sans zoom)


Page N°7/8 du PDF : Tableau comparatif des pays 2/2.
(cliquez sur le tableau pour zoomer, le tableau est difficilement lisible sans zoom)


Page N°8/8 du PDF : Statistiques sur la mobilité moyenne en voiture, à pied et en transport.
(ces graphiques ne sont disponibles que dans le PDF, page N°8)

Lien permanent vers le fichier source : (fichier LibreOffice Calc, lisible avec Microsoft Excel) :
statistiques_covid-19.ods