Tu vas te rajouter une charge CPU car ton firewall devra inspecter les paquets TCP pour les clamper, même ceux à la bonne MTU, tu élimines donc tout mécanisme de fastpath et force les paquets à passer par le CPU, tout ça pour un bénéfice qui se compte en pourcents, surtout que les disques de ton NAS plafonneront avant ton réseau local.

La MTU 9000 c'est inutile dans 99,9% des cas, celui-ci est un bon exemple. Le mieux c'est de faire un vlan dédié MTU 9000 si tu y tiens vraiment.

Et du coup ça ruine tout flux UDP sortant d'une machine vers internet, UDP n'ayant pas de mécanisme de MSS, un paquet UDP >1500 sera juste droppé purement et simplement

Pour faire du MTU élevé, jumbo-frame, on conseille de faire ça sur des LAN/VLAN complètement isolés qui ne verront jamais du "trafic internet" (MTU=1500).
J'avais bidouillé des jumbo-frame chez moi sur un VLAN qui servait quasi exclusivement à faire transiter du iSCSI. Pour du iSCSI , c'est pertinent de faire des jumbo-frame.
On doit pouvoir faire de même pour du NFS.
Tu peux très bien configurer un VLAN dédié par exemple entre ton NAS et des gros PC.
Mais toutes tes machines doivent avoir une double interconnexion "logique" entre default-VLAN(avec accès Internet) et VLAN-jumbo-frame (isolé, sans accès Internet).
L'utilité du truc est "discutable", surtout par rapport à la complexité que ça rajoute. 

Faire du MTU 9000 sur le "LAN principal", ça fa foutre le bazar aussi pour d'autres raisons que celle évoquée par Hugues: beaucoup d'équipements "basiques" en WiFi, IoT, console, décodeur TV, refuseront un MTU9000, même si c'est gentiment demandé par le serveur DHCP, et resteront sur un MTU1500 et ne pourront plus communiquer avec tes machines configurées en jumbo-frame. C'est gênant quand même. Donc ça n'est pas une solution.

Mais ta question de fond de la comparaison de charge CPU de routeur est pertinente, entre
 - un routeur qui doit faire du MSS clamping à cause de SD-WAN ou équivalent
 - un routeur qui doit faire du MSS clamping à cause d'un LAN en Jumbo-Frame.
Même si au final, du jumbo-frame sur le LAN principal n'est pas une solution.

Leon.

Je rejoins les avis ci-dessous, le MTU 9000 c'est bien sur un réseau dédié à ça.

Mais dès lors qu'une machine veut quitter ce réseau (donc s'il y a une passerelle), c'est chercher les problèmes

Par contre, les inconvénients que tu décris n'apparaissent pas pour les personnes ayant un wan avec une mtu inférieure à 1500 ? Comme avec du pppoe ?

Sur Internet, tu as plus de paquets qui pèsent 1500 octets, que de paquets qui tapent les 9000.
Donc là en revanche, passer de 1492 à 1500 octets ça a déjà plus d'intérêt.
Mais ça reste limité (maintenant avec la puissance des chip actuels, ça en touche une sans toucher l'autre à ton routeur).

Par contre, les inconvénients que tu décris n'apparaissent pas pour les personnes ayant un wan avec une mtu inférieure à 1500 ? Comme avec du pppoe ?

Sisi 

Dans une moindre mesure