J'imagine que ça veut surtout dire avec que des équipements IPv6 à tous les niveaux pour proposer une connectivité IPv6 en double stack sans conversion ou tunnel.
C'est une bonne nouvelle, le principal frein à IPv6 (en particulier en France) ce sont les FAI plus que les fournisseurs de contenu. Pour leur défense, entre changer quelques routeurs et tout une infra nationale pour des millions de connectés, le coût n'est pas le même...
C'est effectivement cela qu'il faut comprendre quand Bouygues parle de "IPv6 natif", rien a voir donc avec la MTU. Ce qu'il faut savoir c'est que les routeurs et les switches ne sont pas des PC ou il suffit de changer l'OS pour supporter l'IPv6. La commutation/routage des paquets est effectué de manière matériel par des ASICs et non pas par la CPU de l’équipement (sauf dans certain cas). Or certains "vieux" équipements présent dans le cœur de réseau des opérateurs disposent d'ASICs ne supportant pas la commutation matérielle de l'IPv6. D'autre la supporte de manière logiciel sur la CPU, mais avec une dégradation des performances tel que c'est inexploitable.
C'est pour cette raison que pour pouvoir déployer IPv6 sans avoir a changer leurs équipements, les opérateurs font du tunneling d'IPv6 sur IPv4. Et au fur est a mesure ou les équipements sont amorties, ils les remplaces pour pouvoir enfin migrer en "IPv6 natif".
Après pour le PPPoX/L2TP, ce n'est pas pas parce que c'est du tunneling que ça ne peut pas être "IPv6 natif". C'est simplement que ce modèle d'architecture utilise des tunnels pour des raisons bien précises et déjà évoquées dans d'autres threads (collecte ip, virtualisation, automatisation de la configuration, authentification, autorisation, accounting, scalabilité, etc).