En effet... dommage, j’ai renvoyé mes MikroTik y’a 1 ou 2sem. Le bug étant vieux de 6 mois, je n’y croyait plus...
Tant mieux si cela solutionne le problème des autres.
Toutefois, au regard de la description, ils semblent avoir traité le problème lié au spanning tree (longues coupures) mais pas de fond (micro coupures du lien). Donc, possiblement quelques pings qui se perdent par ci par là...
Dans l’ensemble, peu de personnes s’en rendront compte toutefois... :/

Merci pour ces infos de debug. Je pense comprendre quel est le problème sans savoir encore qui est le coupable. Mais le lien optique entre la freebox server et le switch tombe aléatoirement plusieurs fois par heure. Je ne sais pas encore si cela vient de la freebox ou du switch. J'ai vu sur le forum mikrotik que certains switchs avaient ce genre de problème (https://forum.mikrotik.com/viewtopic.php?t=141633), mais comme ce n'est pas le même modèle je ne peux rien en déduire pour l'instant.
Avoir un répéteur installé semble engendrer le problème mais c'est trompeur car le lien optique crashe avec ou sans le répéteur. Comme un répéteur peut être connecté au serveur par plusieurs cartes wifi ainsi que l'ethernet cela crée des boucles réseau. Pour éviter que ces boucles ne partent en tempête nous utilisons un protocol standard STP qui bien qu'il ait l'avantage d'empêcher ces problèmes, ralenti de quelques secondes (5-10sec) l'initialisation d'un port. Donc avec le répéteur, lorsque le lien optique crashe il faut plus de temps pour le reinitialiser alors que c'était presque instantané sans, mais le problème est quand même présent.
Ce que j'ai fait actuellement c'est de redémarrer le switch mikrotik sur SwitchOS avec les commandes suivantes:
/system routerboard settings set boot-os=swos
/system reboot
y
Puis upgrade de swos à la dernière version 2.12 (ici pas de ssh mais onglet Upgrade dans http://192.168.88.1 avec user:admin mdp:(vide)), puis reboot sur cette version.
Je suis passé de plusieurs coupures du lien par heure à une seule observée dans la nuit.
Je vais essayer de comprendre si le problème vient de la freebox serveur ou du switch mais en attendant vous pourriez peut être tenter cette manip.
Merci.

Non @Fibatom, comme @loggoi vous l'a dit le répéteur met juste en évidence le problème.
Le répéteur a besoin de STP pour fonctionner (sinon bonjour les boucles) donc si vous le bloquez comme conseillé par @Hugues cela va pas très bien se passer, les recommendations restent de désactiver le bpdu-guard et le RSTP sur le switch.
Maintenant entre la GW et le switch le lien tombe malheureusement de temps en temps (avec ou sans répéteur), sauf que comme le répéteur active le STP cela met plus de temps à revenir et devient observable.

Comme Free utilise le STP et pas le RSTP, s'il n'ont pas résolu les déconnexions de liens, le problème sera le même.

Quelques posts que j'ai trouvé utile à la compréhension sur le bugtracker :

Pour moi le CSS610-8G-2S+IN de MikroTik est le moins cher du marché avec 2 ports SFP+ le reste en 1 Gbps RJ45. Je ne sais pas si les soucis de perte de lien sont toujours d'actualité par contre.

Il supporte bien les SFP+ RJ45 ? en effet les pertes de liens est ce que je veux eviter. Quitte à investire dans plus cher tant pis. C'est juste un peut "overkill" pour relier une seul machine 
Encore une fois, idéalement je resterais en DAC, mais la box sera 1 étage plus bas, et à part trouver un tech sympa qui me souderais un 2ème PTO à létage pour faire ralonge, passer en rj45 semble le plus simple