Auteur Sujet: Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie  (Lu 1223393 fois)

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Anonyme

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #8148 le: 12 décembre 2021 à 18:56:03 »
Elle avait acheté un faux certificat de vaccination à un médecin : une femme de 57 ans sans antécédent médicaux meurt du Covid-19 à l’hôpital de Garches le lendemain de son admission.
Son mari porte plainte faux et usage de faux et tentative de meurtre.
Le médecin qui a délivré le pass sanitaire dit être victime d'un piratage informatique et a déposé plainte.

L'hôpital de Garches a une réputation Internationale pour les polytraumatisés d'accidents de la route, les Urgences avaient fermé depuis une dizaine d'années, et était en phase de démantèlement. Les urgences étaient acheminées vers Mignot et Ambroise Paré.
Je suis étonné qu'ils reçoivent des Covid.

alain_p

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #8149 le: 12 décembre 2021 à 20:20:32 »
Selon les données de OurworldinData, la France serait un des pays d'Europe où la part du variant Omicron progresserait la plus vite. On serait déjà à 6.7%, derrière l'Espagne à 11.4%. A vérifier quand même car personnellement, je n'en ai pas entendu parler ailleurs. Si c'était vérifié, cela pourrait vouloir dire que le taux de reproduction pourrait remonter et le variant omicron remplacer peu à peu le Delta. A vérifier alors ce qu'il en est de la véritable gravité de ce variant...

P.S : je me demande quand même s'il n'y a pas une erreur dans les données ourworldindata. Un calcul grossier, avec 50000 cas, et 5% donne ~2500 cas, ce qui parait énorme...
« Modifié: 12 décembre 2021 à 20:50:17 par alain_p »

Hugues

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #8150 le: 12 décembre 2021 à 21:26:51 »
"En France nous n’avons pas à ce jour de données publiques (issues du criblage ou séquençage) permettant de connaitre le nombre cas Omicron"

https://twitter.com/GuillaumeRozier/status/1470126222466244616

alain_p

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #8151 le: 12 décembre 2021 à 21:34:48 »
Oui, effectivement, mais cela ne devrait pas tarder.

alain_p

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #8152 le: 13 décembre 2021 à 13:55:38 »
Il y a un article de l'EXpress qui explique d'où vienne les données Omicron sur le site Ourworldindata. Elle viendrait de base données GISAID de séquençage compilées par le site Covariant de l'épidémiologiste américano-britannique Emma Hordcroft, basé sur l'absence d'un protéïne S, qui ne serait pas présente chez omicron (mais aussi d'autres variants). Les Pays-Bas (93%) et la Norvège (48%) auraient des taux particulièrement élevés d'Omicron mais pas encore disponibles sur Ourworldindata.

Citer
Covid-19 : visualisez la circulation du variant Omicron en France et en Europe
Le Royaume-Uni s'inquiète de la diffusion du variant Omicron, qui représente déjà la majorité des cas séquencés aux Pays-Bas.

M.L. Publié le 13/12/2021 à 11:53, mis à jour à 13:28

....
Chaque pays effectue le séquençage du virus selon des techniques et des fréquences différentes. Les données de la base GISAID compilées sur le site CoVariant par l'épidémiologiste américano-britannique basée en Suisse Emma Hordcroft permettent toutefois d'en savoir plus. La visualisation des séquençages des variants Delta et Omicron sur les deux dernières quinzaines montre bien que ce dernier augmente dans plusieurs pays. 
Omicron très présent en Norvège et aux Pays-Bas

Ainsi, en France, Omicron représentait moins de 0% des séquençages du 15 au 29 novembre 2021. Sur la quinzaine suivante, du 29 novembre au 13 décembre, la part de cas dus à Omicron est montée à 5%.   

Le variant Omicron sera-t-il bientôt dominant au Royaume-Uni ? Et en Europe ? C'est ce que craignent des autorités sanitaires britanniques. Vendredi, la Health Security Agency (UKHSA) a annoncé qu'au vu de sa vitesse de propagation, ce variant apparemment plus contagieux pourrait devenir dominant d'ici la mi-décembre. Le Premier ministre Boris Johnson a dit craindre un "raz-de-marée" et a renforcé les mesures sanitaires dans le royaume. Mais, au-delà du cas britannique, c'est toute l'Europe qui est menacée par l'avancée ultra-rapide du variant. Outre-Atlantique, les Etats-Unis commencent, eux aussi, à craindre d'être submergés par une nouvelle vague.

Au Royaume-Uni, les cas d'Omicron doublent tous les trois jours. Le pays pourrait ainsi être un laboratoire pour les autres Etats du continent. La méthode de détection d'Omicron de l'agence britannique repose sur la présence ou l'absence du gène S dans les séquences de Covid-19 : ce gène, présent dans les cas dus au variant Delta, ne l'est pas dans ceux dus au variant Omicron. Mais son absence peut aussi s'expliquer par d'autres facteurs, ou d'autres variants. Toutefois, la UKHSA note que jusqu'à mi-novembre, 99% des tests positifs séquencés étaient dus au variant Delta. Les cas sans le gène S étaient alors moins de 150, soit moins de 0,1% du total. Dans la semaine du 30 novembre, le nombre de cas sans le gène S est monté à 705. 

"Raz-de-marée d'Omicron"

Par ailleurs, les dernières données montrent 568 cas dus (ou suspectés) au variant Omicron au 8 décembre. Si ce rythme se poursuit, plus d'un million de cas seront dus à Omicron d'ici fin décembre au Royaume-Uni, analyse l'agence de sécurité sanitaire. "Personne ne doit en douter : il y a un raz-de-marée d'Omicron qui arrive, et je crains qu'il ne soit désormais clair que deux doses de vaccin ne suffisent pas pour assurer le niveau de protection dont nous avons tous besoin", a déclaré Boris Johnson dimanche à la télévision. Les autorités sanitaires craignent jusqu'à 75 000 morts supplémentaires d'ici avril dans le pays si rien n'est fait pour contrer le variant. 

Dans le reste de l'Europe, Omicron avance également, principalement en Europe du Nord et de l'Ouest. Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) a publié jeudi 9 décembre une note concernant le variant. 582 cas d'Omicron ont été identifiés par séquençage complet, dans 23 des 30 pays de l'Espace économique européen. Par ailleurs, l'agence précise que Chypre a rapporté des cas dus à Omicron entre la compilation et la publication de ces chiffres, et qu'un "nombre de cas probables sont rapportés dans plusieurs pays". 

Le Danemark (195 cas identifiés au 9 décembre), la Norvège (109) et les Pays-Bas (62) sont parmi les plus touchés d'Europe. Mais aux cas danois identifiés par séquençage, il faut en ajouter 1085 identifiés par un test PCR spécifique, précise l'ECDC. Notons également que le Danemark est l'un des pays qui séquence le plus en Europe, loin devant la France, par exemple, ce qui explique des chiffres élevés.

Chaque pays effectue le séquençage du virus selon des techniques et des fréquences différentes. Les données de la base GISAID compilées sur le site CoVariant par l'épidémiologiste américano-britannique basée en Suisse Emma Hordcroft permettent toutefois d'en savoir plus. La visualisation des séquençages des variants Delta et Omicron sur les deux dernières quinzaines montre bien que ce dernier augmente dans plusieurs pays. 

Omicron très présent en Norvège et aux Pays-Bas

Ainsi, en France, Omicron représentait moins de 0% des séquençages du 15 au 29 novembre 2021. Sur la quinzaine suivante, du 29 novembre au 13 décembre, la part de cas dus à Omicron est montée à 5%. 

À noter toutefois que le nombre de séquençage est bien moins important sur la deuxième quinzaine que sur la première, elle ne donne qu'une vision partielle de la présence d'Omicron qui pourrait être bien plus présent que ce que les chiffres laissent penser. 

La France se situe entre l'Allemagne (2% des séquençages au 13 décembre) et l'Espagne (11%).

Mais dans d'autres pays européens, Omicron s'est davantage répandu - et rapidement. En Norvège, il représentait 2% des séquençages du 15 au 29 novembre. Sur la quinzaine suivante, il est responsable de 48% des cas, soit près de la moitié.   

La progression la plus rapide a eu lieu aux Pays-Bas. Omicron était responsable de 3% des cas séquencés dans la deuxième quinzaine de novembre. Désormais, 93% des cas lui sont imputés. Là encore, le nombre de séquençage est bien moindre du 29 novembre au 13 décembre, ces chiffres seront donc à confirmer. Cette présence importante est logique, les Pays-Bas étant l'un des premiers pays européens où un cluster s'est formé en raison d'Omicron. 

https://www.lexpress.fr/actualite/societe/sante/covid-19-visualisez-la-circulation-du-variant-omicron-en-france-et-en-europe_2164253.html
« Modifié: 13 décembre 2021 à 14:43:15 par alain_p »

Thornhill

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #8153 le: 13 décembre 2021 à 14:48:19 »
Si le chiffre de 93% de la Norvège est établi sur seulement 14 séquençages comme semble l'indiquer le graphique, c'est d'une fiabilité douteuse, non ?

alain_p

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« Réponse #8154 le: 13 décembre 2021 à 14:52:23 »
Oui, tout à fait, c'est encore une première estimation.

Thornhill

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« Réponse #8155 le: 13 décembre 2021 à 15:00:36 »
Oui, tout à fait, c'est encore une première estimation.

Le souci avec les raisonnements sur les séquençages, c'est que le chiffre ne peut être fiable que s'il résulte d'un échantillonnage statistiques randomisé.
Si en revanche on ne séquence que les suspicions d'Omicron (après criblage), ou si ces séquençages "opportunistes"  sont faits en quantité bien plus importante que ceux des échantillonnages statistiques randomisés, on obtient un taux complètement biaisé (on risque d'obtenir en grande majorité de l'Omicron puisque c'est ce qu'on cherche après suspicion).

Il me semble que la France effectue les 2 (randomisé et opportuniste), et que pour les randomisés qui sont plus représentatifs, c'est publié 2 semaines après, donc difficile de suivre en temps réel.

Il me semble aussi que le Royaume Uni et le Danemark sont les plus actifs en matière de séquençage, donc les plus susceptibles de fournir un taux fiable.

alain_p

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« Réponse #8156 le: 13 décembre 2021 à 15:15:32 »
Pour le Danmark, c'est indiqué dans l'article :
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Notons également que le Danemark est l'un des pays qui séquence le plus en Europe, loin devant la France, par exemple, ce qui explique des chiffres élevés.

Thornhill

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« Réponse #8157 le: 13 décembre 2021 à 16:34:12 »
Marc Gozlan a fait une synthèse comme toujours intéressante concernant Omicron :

https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2021/12/13/variant-omicron-ce-que-lon-sait-de-lactivite-neutralisante-des-anticorps-du-risque-de-reinfection-et-de-lefficacite-des-vaccins/




Un avantage de transmissibilité par rapport à Delta

Au Royaume-Uni, les données épidémiologiques obtenues dans le cadre familial et auprès de sujets contacts d’un cas index infecté par Omicron montrent un taux de transmission plus élevé qu’en cas d’infection par le variant Delta. Les taux d’attaque secondaire seraient donc supérieurs, même s’il convient à ce stade d’être prudent dans la mesure où la recherche des cas contacts est sans doute plus poussée autour des cas d’infection par ce nouveau variant. Il est à noter que ces études préliminaires n’ont pas intégré certains paramètres importants. En effet, les résultats n’ont pas été ajustés en fonction du statut vaccinal ou de l’existence d’infection antérieure par le SARS-CoV-2.

(...)

Quid de la sévérité clinique ?

Reste enfin à déterminer quelle est la sévérité clinique des cas de Covid-19 dus au nouveau variant Omicron. Des informations anecdotiques et fragmentaires en provenance d’Afrique du Sud, reposant notamment sur un faible taux d’occupation de lits en soins critiques, un moindre recours à l’oxygénothérapie, une durée moins longue d’hospitalisation, une moindre mortalité hospitalière, au cours des trois ou quatre dernières semaines par rapport à ce qu’on a observé auparavant, pourraient indiquer que ce nouveau variant provoque une maladie moins sévère.

Cela dit, on sait que un variant moins pathogène mais beaucoup plus transmissible peut, mathématiquement, provoquer beaucoup d’hospitalisations et de décès. Il serait très imprudent, au vu d’informations préliminaires, fragmentaires et donc non validées, de miser sur une moindre virulence d’Omicron par rapport à Delta. Il importe donc de rester particulièrement vigilant et de respecter plus que jamais les gestes barrières, en particulier le port du masque, la distanciation physique et l’aération des espaces clos.

Par ailleurs, des données préliminaires en provenance d’Afrique du Sud semblent indiquer que la plupart des patients admis à l’hôpital ont moins de 40 ans, mais il convient d’être particulièrement prudent avant d’en conclure quoi que ce soit. En tout état de cause, un suivi rigoureux au cours des prochaines semaines permettra de préciser les manifestations cliniques liées à une infection à Omicron ainsi que d’évaluer le pronostic associé.

Steph

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #8158 le: 14 décembre 2021 à 18:15:41 »
Steph, tu es dans le déni. Il est normal, vu les conditions actuelles, et les débats sur la vaccination, que les journaux télévisés s'emparent du sujet. Une personne a triché sur son statut vaccinal, les médecins croyant qu'elle était vaccinée, ont établi un protocole de soins en fonction de la réponse immunitaire qu'ils attendaient, la personne est décédée. Le mari a porté plainte contre celui qui lui a délivré le faux certificat. Dans les circonstances actuelles (~60.000 cas par jour, 3eme dose de boost en cours), c'est une histoire édifiante des temps Covid. Et peut-être que derrière cela, il y a le menace qui plane sur les personnes qui seraient tentées de délivrer de faux certificats, que cela pourrait leur coûter très cher...
https://www.franceinter.fr/emissions/le-billet-de-sophia-aram/le-billet-de-sophia-aram-du-lundi-13-decembre-2021

Merci Sophia Aram.

L'affaire m'aura bien fait rire...

Aize147

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #8159 le: 14 décembre 2021 à 19:36:23 »
C'est quoi ça encore ? :