Je ne me sers pas du WakeOnLan, mais pour ton service DNS, j'utilise le service no-ip, et aucun soucis de performance. De plus, si ce service était la cause de ta baisse de performance, seule une fuite mémoire ou une sollicitation trop importance du CPU du routeur pourrait affecter ces dernières, tu aurais 50Mb en UP comme en DL.
Je pense donc que le service DynDNS n'a rien à voir avec ton problème de performance, sauf si l'activation de ce dernier active également une QoS ou Line rate spécifique, mais j'en doute.