@Cryptage : Ok, tu m'as convaincu. Je viens de faire les tests depuis une machine physique, la serveur que j'utilise pour le streaming : "Intel(R) Core(TM) i7-8700 CPU @ 3.20GHz" sous CentOS 7.6, toujours avec la Freebox en mode routeur.
Il y a effectivement une différence entre Linux et FreeBSD. J'obtiens pratiquement la BP maximum avec un flux en DL (890 Mbits contre 650 Mbits avec pfSense) mais l'UL reste toujours faible avec un flux (125 Mbits, soit pratiquement la même chose qu'avec pfSense).
Avec 4 connexions, je n'ai pas plus de débit (880 Mbits, contre 850 Mbits avec pfSense) et tout comme toi, en UL, l'avantage est à pfSense (250 Mbits sous Linux contre 400 MBits contre pfSense).
root@CoffeeLake:~$ iperf3 -P1 -c ping.online.net -p 5209 -t 10 -R
Connecting to host ping.online.net, port 5209
Reverse mode, remote host ping.online.net is sending
[ ID] Interval           Transfer     Bandwidth       Retr
[...]
[  4]   0.00-10.00  sec  1.02 GBytes   879 Mbits/sec  154             sender
[  4]   0.00-10.00  sec  1.02 GBytes   873 Mbits/sec                  receiver
root@CoffeeLake:~$ iperf3 -P1 -c ping.online.net -p 5209 -t 10 
Connecting to host ping.online.net, port 5209
[  4] local 192.168.42.43 port 39650 connected to 62.210.18.40 port 5209
[...]
[ ID] Interval           Transfer     Bandwidth       Retr
[  4]   0.00-10.00  sec   149 MBytes   125 Mbits/sec   73             sender
[  4]   0.00-10.00  sec   147 MBytes   124 Mbits/sec                  receiver
root@CoffeeLake:~$ iperf3 -P4 -c ping.online.net -p 5209 -t 10 -R
Connecting to host ping.online.net, port 5209
Reverse mode, remote host ping.online.net is sending
[  4] local 192.168.42.43 port 40162 connected to 62.210.18.40 port 5209
[  6] local 192.168.42.43 port 40164 connected to 62.210.18.40 port 5209
[  8] local 192.168.42.43 port 40166 connected to 62.210.18.40 port 5209
[ 10] local 192.168.42.43 port 40168 connected to 62.210.18.40 port 5209
[...]
[SUM]   0.00-10.00  sec  1.03 GBytes   885 Mbits/sec  117             sender
[SUM]   0.00-10.00  sec  1.02 GBytes   876 Mbits/sec                  receiver
root@CoffeeLake:~$ iperf3 -P4 -c ping.online.net -p 5206 -t 10 
Connecting to host ping.online.net, port 5206
[  4] local 192.168.42.43 port 34944 connected to 62.210.18.40 port 5206
[  6] local 192.168.42.43 port 34946 connected to 62.210.18.40 port 5206
[  8] local 192.168.42.43 port 34948 connected to 62.210.18.40 port 5206
[ 10] local 192.168.42.43 port 34950 connected to 62.210.18.40 port 5206
[...]
[SUM]   0.00-10.00  sec   301 MBytes   252 Mbits/sec  530             sender
[SUM]   0.00-10.00  sec   298 MBytes   250 Mbits/sec                  receiver
J'ai refait plusieurs fois les mêmes résultats, toujours identiques à quelques dizaines de MBits prêts.
Je n'ai aucune explication sur les différences entre pfSense et Linux, surtout en mode routeur, je ne vois pas trop ce qu'un problème d'encapsulation viendrait faire ici (en mode bridge, je pourrais le comprendre à la limite). C'est bien spécifique à Free en tout cas, car je n'avais pas de problème avec les box Orange/SFR.
Et pour certains d'entre nous (pas tous visiblement), il y a une différence significative sur l'upload avec un flux quelque soit l'OS.
Je suis preneur d'informations et peut faire de nouveaux tests pour éventuellement améliorer les choses. 
C'est possible de se conencter au réseau Free FTTH sans Freebox (comme on peut le faire avec les autres ISP ?)
Merci,