Ce que tu dis n'a pas de sens, Hyper-V se sert justement des fonctions du CPU (support matériel de la virtualisation via VT-x et protection DMA via VT-d) pour cloisonner le système.
Et même si l'hyperviseur peut venir avec ses problèmes de sécurité, sa TCB est bien plus petite que ne serait ce que le noyau Windows, rendant son audit et la vérification du code beaucoup plus facile. Il y a notamment de gros efforts de fuzzing en cours chez MSFT pour Hyper-V, en plus des preuves formelles (notamment de la gestion mémoire) historiques déjà produites.
Ce n'est pas parce que le monde Linux a du retard (pour le grand public, et dans les installations out of the box) sur les notions d'intégrité de plateforme et sur la protection du noyau qu'il faut enfoncer les solutions Microsoft de l'autre côté : leur développement répond à de vrais problèmes de sécurité.
L'exemple le plus parlant est celui de Credential Guard : dans un domaine Active Directory, c'est aujourd'hui la seule façon de protéger les secrets de session, qui sont la première chose qu'un attaquant essaye de récupérer pour faire du mouvement latéral sur un réseau, jusqu'à remonter à des comptes à privilèges. C'est complètement transparent pour l'utilisateur final, et ça augmente sensiblement la posture de sécurité du système.
ÉDIT : juste un commentaire sur les conteneurs : sous Linux, ces deniers ne sont pas cloisonnés matériellement, au contraire de Docker sous Windows, qui par défaut utilisé justement Hyper-V pour segreguer matériellement les espaces mémoires entre les conteneurs, et entre le système hôte.
Sous Linux, le modèle de sécurité du conteneur repose exclusivement sur la sécurité du noyau (et du démon qui fait tourner les conteneurs, qui est root pour Docker, même si il existe aujourd'hui des alternatives rootless)
Autrement dit : la conteneurisation sous Linux ne doit pas être considérée comme un mécanisme de sécurité. Le sujet est tellement non trivial que l'ANSSI a publié un guide spécifique à la sécurisation de conteneurs Docker, tellement il y a de choses à faire.