C'est tout à fait normal que TCP cause des pertes de paquets, puisque c'est le moyen habituel de détecter que le lien arrive à saturation (mais pas le seul : ECN). Je serai bien incapable de dire quel est le taux normal de perte de paquets.
Il faut analyser une session TCP en terme de débit : si le débit converge vers un débit maximal, c'est bon. Si le débit monte, chute très bas, remonte... il y a un problème. Il suffit de regarder la courbe du débit pour se faire une idée.