De ce que je crois comprendre de ton problème, c'est le pilote USB lui-même qui est aux fraises.
Et comme c'est justement le pilote qui est censé gérer ces temporisations...
Donc pas d'autres moyen plus clean de faire un on/off matériel, après avoir fait un halt/reboot qui va arrêter les autres process ?
Sans garantie de succès, mais tu peux peut-être essayer de forcer le déchargement du module associé au pilote USB, avant de le recharger.
Avec quelque chose comme ça, peut être:
# lsmod | awk '$1 ~ /usb/ {print "rmmod -f "$1}' | sh
# modprobe usbcore
J'ajouterai qu'après avoir lu les commentaires dans le lien que tu donnes, je me souviens avoir eu des soucis sous Debian testing au printemps.
Mon clavier et ma souris USB ne répondaient subitement plus, et j'étais obligé de redémarrer le système pour reprendre la main dessus.
Je n''avais pas eu le temps de chercher d'où ça venait à l'époque, et le problème avait été résolu suite à une mise à jour de noyau.
Comme un gars dit avoir écrit un correctif pour Debian dans le rapport de bogue, il n'est pas impossible que ce soit lui qui ait résolu mes problèmes.
Tu auras donc peut être tout intérêt à vérifier si ce problème persiste avec un noyau plus récent.