En dehors des bases de données qui ne se sauvegardent pas à coup de cp / mv, oui la sauvegarde est toujours utile.
Perso, j'ai pris l'habitude de sauvegarder dans une archive (avec conservation des droits initiaux) les répertoires /etc et /usr.
Et pour les trucs un peu crades, une copie du /opt aussi, mais c'est un répertoire pour les programmes crades...
Ce n'est qu'un avis perso, et pas une vérité absolue.
J'ai pas envie de froisser notre très cher Hugues.