Difficile à dire sans capture/info lorsque le problème se produit car on ne peut que spéculer
Sur mon accès cellulaire bouygues, le MTU semble être de 1450 en IPv6 (à mon domicile). Ca semble pareil si je passe par leur NAT64 pour joindre une destination IPv4... et je n'ai pas de souci particulier de MTU ou de fragmentation de paquets quand je tente de joindre mon infra chez moi, avec un MTU de 1500 bytes.
Le path mtu discovery fonctionne bien en IPv6 et *semble* fonctionner à travers le NAT64, mais je suis comme toi dans le cas non pathologique... Je me souviens par contre d'avoir observé plus d'une fois que le NAT64 de Bouygues posait problème dans certaines zones géographiques (sur la ligne de TGV Paris-Lyon, il me semble).
Je tenterai de faire des captures si ca se reproduit. Mais si tout fonctionne en IPv6, utilise IPv6 et ne creuse pas plus :-)
À mon sens, s'il fallait appliquer du MSS clamping quelque part, ca serait côté accès mobile, pas côté FTTH. Ta connexion FTTH a un MTU de 1500, la baisser artificiellement diminuerait les performances.