Première remarque: Rester sur une configuration PPPoE est maintenant une très mauvaise idée puisque Orange considère ce mode de connexion comme un mode de secours. Tous les clients qui utilisent PPPoE "sortent" maintenant à Paris, ce qui fait par exemple que si vous avez 2 bureaux à Montpellier et un site-to-site entre eux, le traffic va passer par Paris...
Ensuite, les problèmes rencontrés concernent du traffic passant par un VPN ? Si oui, alors la raison du problème est probablement la taille de la MTU/MSS : En PPPoE, le MSS est de 1452, et par conséquent les VPN qui passent par le lien PPPoE doivent avoir un MSS encore plus bas (valeur à déterminer).