Salut,
oui, ça marche très bien avec plusieurs VLAN.
Si c'est uniquement les VLAN secondaires qui sont touchés, tu n'as probablement pas mis la bonne adresse en Link Local sur la Freebox.
Cette adresse commence par fe80 pour la partie WAN de l'UDM-Pro.
Tu la trouves en allant sur la console (dashboard principal, celui par défaut), cliques sur l'icone de ton UDM-Pro (en haut à gauche).
Dans le panneau qui s'ouvre à droite, fait défiler jusqu'à avoir la section WAN 1 (ou 2 selon).
Là, tu verras l'adresse sous l'intitulé IPv6 Link Local.
Tu la copies et la colles en Next Hop des préfixes secondaires voulues sur l'interface de la Freebox.
Au niveau des VLAN de l'UDM-Pro :
pour chaque VLAN, tu reprends le préfixe correspondant sur la Freebox et tu le colles dans la section IPv6 de l'UDM sous Gateway IP/Subnet (NetMask à 64 si tu configures en Static).
Et voilà, ça devrait fonctionner.