Techniquement on passe de PPPoE (qui est une encapsulation de PPP, un protocole Point-à-Point, dans Ethernet) à Ethernet directement. DHCP c'est comme son nom l'indique un protocole de configuration dynamique d'hotes, pour IPv4. DHCP6 c'est son pendant IPv6. Il n'est donc plus question d'encapsulation.
Outre le fait d'avoir accès à IPv6, la suppression d'une couche d'encapsulation apporte un avantage non négligeable: La possibilité d'utiliser une MTU "standard" à 1500 ce qui devrait (très légèrement) améliorer les perfs et nous éviter d'avoir a clamper le MSS sur nos routeurs.
Pour ceux qui ont une Livebox, tout est transparent, effectivement (hormis l'activation éventuellement manuelle de l'IPv6).