Il n'y a aucune différence fonctionnelle entre FF sur Linux et sur Windows.
Tu as essayé de les déplacer à la main pour voir si quand tu resynchronise, ils se mettent bien dans barre perso ? Au pire même s'il y a quelques doublons dû au FF nouvellement ajouté, tu peux toujours les virer après.
Cette histoire qu'ils se mettent dans "autres marque-pages" je l'ai eu aussi au début, mais une fois re-déplacé dans barre perso, les synchro suivantes, ils apparaissent directement dans la barre. Je n'ai plus eu de problème depuis.