A priori non, le 4=x4 est bien x4 si les deux ports x1 au dessus sont libres, d'après la doc.
Après, vérifier quand même la vitesse dans le bios / avec un utilitaire (sandra, etc). Des mauvaises négos pci-e, ça existe.
Voici le rapport généré par "SiSoftware Sandra" :
Bus Système
Version de l'Interface : 2.30
Bus PCI : 8
Bus PCIe : 6
Bu Système 0
Typ : PCI
Multiplicateur : 1x
Bu Système 1
Typ : PCIe 2.0 x16 5Gbps
Multiplicateur : 3x
Pont : Intel Core (Sandy Bridge) PCI Express Root Port
Périphériques Connectés au Port : Gigabyte GeForce GT 440
Bu Système 2
Typ : PCIe 2.0 x1 2.5Gbps
Multiplicateur : 3x
Pont : Intel Cougar Point PCI Express Root Port 1
Bu Système 3
Typ : PCIe 2.0 x1 5Gbps
Multiplicateur : 3x
Pont : Intel Cougar Point PCI Express Root Port 2
Périphériques Connectés au Port : Gigabyte Etron USB 3.0 Extensible Host Controller
Bu Système 4
Typ : PCIe 2.0 x1 2.5Gbps
Multiplicateur : 3x
Pont : Intel Cougar Point PCI Express Root Port 3
Périphériques Connectés au Port : Gigabyte Onboard Ethernet
Bu Système 5
Typ : PCIe 2.0 x1 2.5Gbps
Multiplicateur : 3x
Pont : Intel 82801xx (ICH2-8), 63xxESB Hub Interface to PCI Bridge
Périphériques Connectés au Port : ITE IT8892 PCIe to PCI Bridge
Bu Système 6
Typ : PCI66
Multiplicateur : 2x
Pont : ITE IT8892 PCIe to PCI Bridge
Bu Système 7
Typ : PCIe 2.0 x4 5Gbps
Multiplicateur : 3x
Pont : Intel Cougar Point PCI Express Root Port 5
Périphériques Connectés au Port : Intel Ethernet Server Adapter X520-1
Conseils de Performance
Alerte 1204 : Vitesse de liaison inférieure au maximum pris en charge. Le périphérique est peut être en mode faible puissance.
Conseil 2 : Double-cliquez sur le Conseil ou appuyez sur la touche Enter si le Conseil est sélectionné pour en savoir plus concernant cet élément.