Oui, sur les DSLAMs IPv4, l'IPv6 est transporté dans un tunnel sous l'IPv4. Pour les DSLAMs IPv6, c'est l'inverse, c'est l'IPv4 qui est transportée dans un tunnel IPv6.
Dans les deux cas, tu peux avoir une adresse IPv6, mais seulement quand elle est de base, elle est détectée par FreePON (qui je suppose se base sur les classes utilisées en 10G-EPON pour faire la différence ?).