Le RER D est exploité par la RATP entre gare du nord et un point situé à mi chemin entre châtelet et gare de Lyon. La Gare du nord est à la SNCF mais 100 mètres après la gare en direction du SUD, c'est la RATP.
Par contre la gare RER D de Châtelet-les-halles qui était pendant longtemps gérée entièrement par la RATP (avec une information médiocre, vu que la RATP ne pouvait être précis sur l'heure du train que quand il rentrait sur son réseau) est aujourd'hui exploité partiellement par la SNCF : présence d’agents SNCF sur les quais, les écrans SIEL RATP ont été remplacés par des écrans SNCF.
Coté rames, le matériel bi-tension est propriété de la SNCF et tous les conducteurs sont de la SNCF.
A noter que pour le nord de la ligne et le sud sont gérées par deux entités SNCF différentes (Paris Nord et Paris Sud-Est) et que dans le passés, elles ne se parlaient pas. Par exemple le conducteur du RER D n'est prévenue que lors de l'entrée dans la zone SNCF sud que la Gare de Lyon est fermée, catastrophique pour les clients qui auraient du sortir à châtelet pour prendre le métro.
Nord du RER D : 25 kV alternatif
tronçon RATP : 1500 V continu stable
Sud du RER D : 1500 V continu variable (la tension peut baisser à 1300 V ce qui n'est pas le cas sur le réseau RATP)
Le changement 25 kV SNCF / 1500 V RATP est réalisé par un baissé pantographe automatisé
Le changement 1500 V RATP / 1500 V SNCF est réalisé par un baissé pantographe manuel donc assez long. L'éclairage est sur batterie pendant ce temps