- Gare de Lyon : La gare du RER D (3ème sous-sol) est gérée par la SNCF. La gare du RER A (4ème sous-sol) est gérée par la RATP. La salle d’interconnexion RER du 2ème sous-sol est géré par la RATP. La salle d’interconnexion TGV du 1er sous-sol est géré par la SNCF. Bref un étage sur deux est à la RATP et un sur deux à la SNCF. En cas de panne électrique de la RATP à Gare de Lyon (expérience vécue), la SNCF est obligé de ne plus desservir gare de Lyon sur le RER D.
- Châtelet : les 3 RER (A, B et D) sont gérés par la RATP (le RER B et D depuis le PCC de Denfert-Rochereau, le RER A depuis le PCC de Vincennes.
- Gare du Nord : les 2 RER (B et D) sont gérés par la SNCF, mais la RATP a les doubles commandes pour gérer les trains en cas d’arrêt de l'interconnexion RATP / SNCF.