On embarque des batteries au lithium sur les satellites depuis l'an 2000.
En revanche, je ne sais pas ce qui est utilisé sur Rosetta/Philae en particulier.
En fait, l'atterisseur a probablement rebondi sans contrôle d'attitude, ce qui fait qu'il a vraisemblablement atterri couché sur le flanc (la fameuse "patte en l'air"). Au final, il est possible qu'il soit non seulement à l'ombre, mais qu'en plus une bonne partie de ses panneaux solaires soient directement contre le sol...