Auteur Sujet: Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie  (Lu 1346804 fois)

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eruditus

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #8496 le: 22 décembre 2021 à 17:24:38 »
Bah là, tu vois, on n'en est pas loin. Après, l'omicron peut rebattre les cartes, mais l'épidémie de Delta est, elle, en baisse.

Bah non... on en est très très loin avec un Reff à 1.11.
L’épidémie continue de progresser c’est marqué sur ton graphique.
(Et une baisse de 0,11 pts ne se fait pas en une semaine sauf mesure forte de confinement)

Sinon, pour les médecins qui n’ont de cesse de dire qu’ils ont 80% de non vaccinés en réa et l’incohérence avec les chiffres de la dress, l’explication donnée par Berrod semble fort probable.
https://x.com/nicolasberrod/status/1473648006482247690

Thornhill

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Hugues

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #8498 le: 22 décembre 2021 à 17:41:34 »
Baisse du Reff ne veut pas dire baisse de l’épidémie tant qu’il est au dessus de 1.

alain_p

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Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie
« Réponse #8499 le: 22 décembre 2021 à 17:43:33 »
Sinon, pour les médecins qui n’ont de cesse de dire qu’ils ont 80% de non vaccinés en réa et l’incohérence avec les chiffres de la dress, l’explication donnée par Berrod semble fort probable.

Ce qu'il dit, c'est que les vaccinés restent moins longtemps en réanimation. Très possible, et j'ai toujours dit que la vaccination était efficace contre les cas graves.
Par contre, ce n'est pas cela qui va expliquer que 72% des testés positifs sont vaccinés. Et si on parle des faux pass, ils sont estimés maintenant à 182.000, ce qui est une infime minorité des 50 millions de vaccinés.

alain_p

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« Réponse #8500 le: 22 décembre 2021 à 17:49:04 »
Baisse du Reff ne veut pas dire baisse de l’épidémie tant qu’il est au dessus de 1.

Personne n'a dit le contraire (en tout cas pas moi), mais on est passé quand même de 1.6 à 1.1 en 15 jours, donc l’épidémie progresse moins. Cela se voit d'ailleurs sur le fait que l'on avait atteint un plateau à 50-60k.

alain_p

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« Réponse #8501 le: 22 décembre 2021 à 18:20:29 »
Une étude sur la réduction des PIMS chez les ados grâce à la vaccination :

On peut donner une citation plus claire que le tableau :

Citer
From September 1, 2021, to October 31, 2021, a total of 107 children with MIS-C were hospitalized in France and, among them, 33 (31%) were adolescents eligible for vaccination. Adolescents with MIS-C were a median (IQR) age of 13.7 (12.5-14.9) years, 27 (81%) were male, and 29 (88%) were admitted to a PICU. Among them, 0 had been fully vaccinated, 7 had received 1 dose with a median (IQR) time between vaccine injection and MIS-C onset of 25 (17-37) days, and 26 had not been vaccinated. The HR for MIS-C was 0.09 (95% CI, 0.04-0.21; P < .001) after the first vaccine dose compared with unvaccinated adolescents. Sensitivity analyses showed similar results (Table).

Donc de début Septembre à fin Octobre, 33 enfants d'âge vaccinal, donc de 12 à 20 ans, ont été admis pour ce syndrome, dont aucun complétement vacciné, et 7 avaient reçu une première dose. Vu la période, c'était le variant Delta.

Au total, 107 enfants ont été admis pour ce syndrome. Sur une population totale qui doit être d'environ 13 millions de personnes. On était à environ 5000 contaminés par jour à ce moment là, et si on estime la proportion de 1-19 ans à 20% de la population, et que les contaminations ont la même probabilité de se produire dans tous les groupes d'âge, cela fait environ 1000 enfants de moins de 20 ans infectés par jour, soit 60.000 sur la période.

Après, comme le dit l'étude, on n'a pas les comorbidités dans ce groupe.

Citer
The study had limitations, including the low number of patients, use of national data to calculate HR without considering regional variations, and inability to control for individual risks of MIS-C, such as sex, race and ethnicity, and comorbidities.

alain_p

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« Réponse #8502 le: 22 décembre 2021 à 20:04:00 »
Une étude Sud-Africaine, avec des données préliminaires, donne 80% de probabilité de moins d'être hospitalisé avec Omicron par rapport au Delta :

Citer
Covid in SA: People infected with Omicron have an 80% lower risk of hospitalisation, early data shows

Zakiyah Ebrahim

-    People infected with Omicron are less likely to end up in the hospital, according to a preliminary analysis by scientists in SA.
-    All current data is pointing to a consistent picture of a reduction in severity with Omicron in South Africa, says one of the study's authors.
 -   It is not yet clear whether this is as a result of Omicron being less virulent, or due to South Africa's high levels of immunity.

Covid-19 data in South Africa is increasingly pointing to the Omicron variant causing less severe illness than earlier variants, researchers at the National Institute for Communicable Diseases (NICD) said on Wednesday.

"Compellingly, together our data suggests a positive story of a reduced severity of Omicron compared to other variants," said Professor Cheryl Cohen, the head of the NICD's Centre for Respiratory Diseases and Meningitis.

Cohen and her colleagues conducted an early assessment of the severity of Omicron infection in the country.

Their findings were posted online to the preprint server medRxiv on Tuesday.

https://www.news24.com/health24/medical/infectious-diseases/coronavirus/covid-in-sa-people-infected-with-omicron-have-an-80-lower-risk-of-hospitalisation-early-data-shows-20211222
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.21.21268116v1

Thornhill

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« Réponse #8503 le: 22 décembre 2021 à 20:25:19 »
L'Imperial College de Londres a publié une estimation de 15% de réduction sur le risque d'admission à l’hôpital et 40% sur le risque d'hospitalisation, pour la vague Omicron, comparée à la vague Delta.
Elle estime aussi le risque d'hospitalisation est réduit de 50% dans le cas d'une réinfection, par rapport à une primo-infection.

https://www.imperial.ac.uk/news/232882/some-reduction-hospitalisation-omicron-delta-england/?utm_source=twitter&utm_medium=social&utm_content=7484e010-cd3f-42a8-976f-cc43c7df3e51&utm_campaign=news

https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disease-analysis/covid-19/report-50-severity-omicron/


alain_p

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« Réponse #8504 le: 22 décembre 2021 à 23:04:56 »
Ce soir, 84000 cas positifs, on se rapproche des records anglais, et 3147 patients en réanimation. On peut penser qu'il y a beaucoup d'Omicron là-dedans, mais je n'ai pas encore vu de résultat de criblage.

Thornhill

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« Réponse #8505 le: 22 décembre 2021 à 23:27:46 »
Ce soir, 84000 cas positifs, on se rapproche des records anglais, et 3147 patients en réanimation. On peut penser qu'il y a beaucoup d'Omicron là-dedans, mais je n'ai pas encore vu de résultat de criblage.

Les résultats de criblage sur les 3 mutations d'intérêt pré-Omicron sont publiées tous les jours :

https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-de-laboratoires-pour-le-depistage-indicateurs-sur-les-mutations/

Il n'y a pas vraiment de suspens étant donné qu'avant Omicron, Delta représentait la quasi totalité des tests et que le criblage fait jusqu'ici sur 3 mutations d'intérêt permet déjà de savoir quand ce n'est pas Delta (échec de L452R = pas du Delta = très certainement Omicron). On déduisait donc que c'était Omicron par élimination de la possibilité que ce soit Delta.

Le nouveau kit de test permettra simplement de s'en assurer via détection d'une mutation spécifique Omicron (LK417N) et d'avoir le résultat plus rapidement.

Les criblages actuels laissent peu de doute :


alain_p

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« Réponse #8506 le: 23 décembre 2021 à 08:27:41 »
Les résultats de criblage sur les 3 mutations d'intérêt pré-Omicron sont publiées tous les jours :

Mais là, ton graphique s'arrête au 18/12, alors que celles de lundi 20 devraient être disponibles s'il faut 36h pour faire le criblage.

Les cvs sont des données hebdomadaires, et qui s'arrêtent même au 13/12.

Une remarque, le nombre de cas positifs dénombrés est peut-être faussé par le fait qu'avant Noël beaucoup se font tester (850.000 tests quotidiens).
« Modifié: 23 décembre 2021 à 09:34:47 par alain_p »

Thornhill

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« Réponse #8507 le: 23 décembre 2021 à 09:47:30 »
Mais là, ton graphique s'arrête au 18/12, alors que celles de lundi 20 devraient être disponibles s'il faut 36h pour faire le criblage.

Les cvs sont des données hebdomadaires, et qui s'arrêtent même au 13/12.


Non, ce sont des données quotidiennes avec des valeurs moyennées sur 7 jours glissants.
Par exemple, pour Paris : dernière valeur du 13 au 19 décembre :

2021-12-11-2021-12-17
2021-12-12-2021-12-18
2021-12-13-2021-12-19


Avec la variation quotidienne de la moyenne il est possible d'estimer ("délissage") celle des derniers jours, ce que fait le graphique de @flodebarre.

Ce qui donne déjà une vision raisonnable de la situation des criblages quotidiens.