Auteur Sujet: Coronavirus Covid-19: Suivi de la pandémie (Lu 1436222 fois)

Thornhill · « **Réponse #3504 le:** 14 septembre 2020 à 17:27:59 »

Méthode d'estimation R(t)/Re, université de Montpellier :

https://bioinfo-shiny.ird.fr/Rt2-fr/

Limites

Délais temporel

Si le nombre de reproduction quantifie un potentiel de propagation de l’épidémie à une date donnée, son estimation repose sur des données qui reflètent l’état de cette dernière plusieurs jours auparavant. Ainsi, à partir du moment où une personne est infectée, il s’écoule environ une semaine avant que le virus ne soit détecté, puis généralement une semaine de plus avant une possible hospitalisation, éventuellement en service de réanimation après un nouveau délai. Le décès peut quant à lui survenir plusieurs jours après cette admission. À cela, il faut rajouter le temps pour que le cas/l’admission/le décès soit répertorié et communiqué.

Il en résulte qu’en estimant R(t)

à partir des données d’incidence de nouveaux cas dépistés, l’état de l’épidémie capturé correspond au mieux à celui de la semaine qui précède. À partir des nouvelles hospitalisations et admissions en réanimation, ce décalage est de l’ordre de deux semaines et enfin quatre s’agissant des décès.
Variations d’échantillonnage

S’il n’est pas nécessaire que tous les cas soient répertoriés pour que la méthode fonctionne correctement, il faut en revanche que l’effort de dépistage deumeure constant au cours du temps. En effet, une généralisation du dépistage amplifie mécaniquement le nombre de cas, mimant une croissance de l’épidémie. Pour cette raison, les données d’incidence de dépistage en France sont particulièrement peu exploitables. En effet, les consignes de dépistage, initialement très laxistes, ont été modifiées à plusieurs reprises depuis le début de l’épidémie.

À noter que des variations d’intensité d’échantillonnage sont inévitables. Pour exemple, on constate souvent des incidences plus faibles pendant les week-ends. Pour limiter ces effets, nous utilisons une moyenne glissante de 7 jours.
Intervalle sériel

Ainsi que nous l’expliquons ci-après, une donnée essentielle à l’estimation du nombre de reproduction est la durée pendant laquelle une personne est contagieuse. En pratique, cette dernière est estimée au moyen de suivis de contacts (c’est-à-dire de paires infecteur - infecté) en comptant le nombre de jours qui séparent les dates d’apparition des symptômes respectivement chez l’infectant et chez l’infecté. Cette durée porte le nom d’intervalle sériel.

À ce jour, nous ne disposons que de peu ou pas de données concernant cet intervalle sériel en France et en Europe. Autrement dit, toutes les estimations présentées ici sont faites sur la base de durées de contagiosité basées sur des enquêtes de terrain en Asie.

Notre application permet de choisir entre plusieurs jeux de données pour l’intervalle sériel afin de mieux appréhender l’effet qu’a ce paramètre sur les résultats.

Nico · « **Réponse #3505 le:** 14 septembre 2020 à 22:49:51 »

Manque plus que l'article dans France Soir pour être fixés.

alain_p · « **Réponse #3506 le:** 14 septembre 2020 à 22:51:36 »

Tu peux le citer si tu veux...

Nico · « **Réponse #3507 le:** 14 septembre 2020 à 22:52:18 »

Leurs journalistes sont sur le coup, ça ne devrait pas tarder.

Thornhill · « **Réponse #3508 le:** 14 septembre 2020 à 22:57:42 »

On sent comme une pointe d'ironie que n'aurait pas décelée alain_p.

Indice : dans l'assemblage de mots qui suit, il y a une contradiction : saurez-vous la déceler ?

France Soir Jounalistes

Nico · « **Réponse #3509 le:** 14 septembre 2020 à 23:04:59 »

Disons que ça me semblait une suite logique.

Et effectivement, y a un petit soucis journalistique là-bas, c'est peut-être pas étranger au traitement réservé par ce site.

alain_p · « **Réponse #3510 le:** 14 septembre 2020 à 23:06:15 »

Citation de: Thornhill le 14 septembre 2020 à 22:57:42

On sent comme une pointe d'ironie que n'aurait pas décelée alain_p.

Oh non, je sais bien ce que pense Nico de France Soir. Mais justement, je crois avoir vu passer un article de France Soir sur le sujet quelque part...

Nico · « **Réponse #3511 le:** 14 septembre 2020 à 23:08:56 »

Au fond je pense qu'ils ont réussi leur pari, qui parlait de ce site web avant qu'ils donnent tribune ouverte à Raoult & cie ?

Et finalement le licenciement de la totalité des journaliste l'an dernier semble très secondaire.

Cochonou · « **Réponse #3512 le:** 14 septembre 2020 à 23:13:00 »

Sauf erreur de ma part, cette remarquable tribune n’est justement pas passée dans ce fil de discussion : http://www.francesoir.fr/opinions-tribunes/le-port-du-masques-pour-les-enfants-cest-de-la-maltraitance

Je crois qu’elle illustre bien la démarche de cette publication désormais.

alain_p · « **Réponse #3513 le:** 14 septembre 2020 à 23:14:18 »

C'est là :

Citer

La grande supercherie des tests PCR, 90% des cas positifs ne sont pas malades ni contagieux

Dans un test PCR il y a un facteur très important qui n'est pas mentionné dans les résultats, c'est le CT (Threshold Cycle). Il s'agit du coefficient d'amplification de l'ADN , du nombre de cycles d’amplification.

Le test ne détecte pas des virus entiers en état de marche, mais des morceaux de ce virus actifs ou non. Donc il peut détecter des petits morceaux de virus d'une infection qui date de plusieurs semaines, voir plus.

Dans les prélèvements il y a très très peu de morceaux d'ARN viral, donc ils ne peuvent pas être détectés tel quel. Il faut augmenter le nombre de morceaux de manière très importante pour pouvoir les détecter.

On transforme cet ARN viral en ADN puis on met un produit qui fait que tous les ADN du prélèvement sont dupliqués de nombreuses fois. On répète plusieurs fois cette opération.
...

Plus on la répète, plus on amplifie leur nombre, plus le CT est grand, plus on risque d'avoir des faux positifs.

Moins on la répète, moins on a de faux positifs, mais plus on peut avoir des faux négatifs.

Suivant les appareils et les laboratoires on peut aller à des valeurs de CT plus ou moins grandes de 20 à 45 !

- CT = de 20 à 30 => charge virale importante, peu de faux positif, si positif on est certain qu'il y a bien infection à un des 5 coronavirus qui circulent. Mais risque de faux négatifs.
- CT = 35 => compromis utilisé par l'IHU, mais des faux positifs.
- CT = 40 ou plus => 90% de FAUX positifs = pas de virus COVID, les 10% restant ont une charge virale extrêmement faible, on n’est PAS contagieux (mais il n’y a pas de faux négatifs).

Les recommandations des scientifiques sont un CT comprit entre 20 et 30. Dans la pratique des laboratoires d’analyses le plus souvent CT à 40 ou plus!

Si votre test est positif, exigez de connaitre à quel CT et de refaire un autre test le lendemain pour confirmer.
...

C'est une tribune du Dr Peter El Baze pour France Soir. Bien sûr, 90% est une exagération. On peut peut-être s'en approcher quand on fait 45 cycles. En fait, cela reprend un article du New York Times, qui sur ce chiffre a été mal interprété.

http://www.francesoir.fr/opinions-tribunes/la-grande-supercherie-des-tests-pcr
https://www.nytimes.com/2020/08/29/health/coronavirus-testing.html?searchResultPosition=2

Thornhill · « **Réponse #3514 le:** 14 septembre 2020 à 23:19:21 »

Sinon, pour en revenir au propos de Raoult (avec lequel on sait qu'il faut prendre des pincettes vue la dose de conneries et d'auto-contradictions qu'il répand depuis février pour faire parler de lui), en quoi le trop grand nombre de cycles, en quoi donc cette trop grande "sensibilité" conduirait à une progression dans le temps de la positivité ?

Les protocoles changent ? On augmente le nombre de cycles chaque semaine ?

Alors, qu'on surestime le nombre de personnes contaminantes, c'est un fait, et là il enfonce une porte ouverte car pleins d'autres l'ont dit avant lui (Drosten, etc.), mais que ça explique la progression du taux, je ne saisis pas le début d'un raisonnement cohérent là-dedans (mais expliquez-moi, j'ai surement loupé quelque chose).

Bon ensuite, il parle de faux positifs : est-ce le bon terme ? Ne faudrait-il pas parler de porteurs de séquences de virus inactives donc de faux contaminants ?

alain_p · « **Réponse #3515 le:** 14 septembre 2020 à 23:24:06 »

Peut-être parce que d'anciens positifs, mais guéris depuis longtemps et possédant des anticorps, et ayant toujours de faibles doses ou fragments du virus, continuent à être détectés des mois après alors qu'ils ne sont plus contagieux ? Donc cela s'additionne au fur et à mesure ?