Ce réglage permet à votre switch "intelligent" de détecter une boucle dans le réseau local.  A période régulière, le switch génère un paquet qu'il diffuse sur chaque port.
Si ce paquet revient par ce port ou un autre, le switch bloque/invalide immédiatement ce port. Cela permet d'éviter la tempête de broadcast.
Cette option n'est utile que si l'on multiplie les sous-switchs. Cette fonction générant très peu de trafic, on peut la laisser active.

Il me semble que le Loop Protection est interne à un switch, tandis que le spanning tree peut détecter des boucles entre plusieurs switchs, mais demande un dialogue entre switchs (trames BPDU) pour découvrir la topologie du réseau, et aussi écouter et détecter les boucles réseau, ce qui est beaucoup plus lourd.

Donc je dirais qu'ils sont complèmentaires, le loop protection étant utile sur des petits switchs de périphérie.

J'avoue, STP c'est pas la même (surtout quand on augmente la complexité, avec des VLANs par exemple). Mais c'est supporté souvent sur les "petits" switchs administrables (au moins RSTP, souvent MSTP)