Bon, je ne dois pas être doué mais je ne trouve que 480 ms de latence théorique  (en prenant c comme vitesse de propagation des ondes dans le vide et 4*36000 km comme distance (rebond sur le satellite pour atteindre le routeur + le retour).
Qu'est-ce que je rate ? Le passage dans l’ionosphère ?

312ms de ping pour aller en fibre optique jusq'au point où les données sont émises vers le satellite (en Asie)

Ensuite il y a 568ms de ping lié au satellite, c'est pas si éloigné de ton calcul sachant que ce n'est pas du vide partout il qu'il y a un peu plus de 4 x 36 000 km (on n'est pas exactement a la perpendiculaire sous le satellite)

Ensuite effectivement l'entralecement et la propagation ionosphérique doivent jouer sur le trajet total.

La propagation ionosphérique (et troposphérique) ne devrait pas avoir un effet significatif sur le RTT. D'après ce que j'en sais, ce type de satellites èmet dans la bande Ku (12-18 GHz) ou la bande Ka (26.5-40 GHz). A ces fréquences, le délai introduit par une traversée de l'ionosphère est de l'ordre de quelques nanosecondes (dans des conditions assez défavorables après une tempête solaire).
Pour la troposphère, il va plutôt être de l'ordre de quelques dizaines de nanosecondes. Bref, pas de quoi influer grandement sur le ping d'une connexion internet. Par contre, les applications d'altimétrie radar ou GPS doivent absolument corriger ce biais - qui n'est d'ailleurs pas stable au cours du temps.