Le sous-variant BA.2 pourrait être confondu avec le Delta, car ne comporterait pas une des mutations testée du Omicron, ce qui pourrait expliquer la persistance apparente du Delta dans les taux de variants :

Un sous-variant d’Omicron, confondu avec Delta, détecté en Belgique.

Par Rédaction en ligne Mercredi 19 janvier 2022 10:49

Cette nouvelle souche d'Omicron serait passée inaperçue à cause de cette ressemblance avec Delta mais circulerait déjà bien en Belgique.

Un variant Omicron, plusieurs lignages

Selon Tom Wenseleers, BA.2 viendrait d’Inde où il circulerait tellement qu’il représentait une bonne majorité des cas. De là, il se serait répandu ailleurs, comme au Danemark où il pourrait déjà représenter 50% des contaminations, et au Royaume-Uni. Aujourd’hui, il s’avère que la Belgique ne lui a pas échappé mais que jusqu’ici, cela se passait de façon inaperçue.

Pour être exact, il ne s’agirait pas vraiment d’un nouveau variant mais d’un des lignages d’Omicron. Autrement dit, entre BA.1 et BA.2, les mutations sont globalement semblables, avec seulement quelques différences. «Il a une vingtaine de mutations par rapport à BA.1, ce qui est relativement nombreux» pour un lignage du genre, précise Tom Wenseleers au Nieuwsblad. BA.2 ne comporterait par exemple pas «la délétion 69-70 dans la protéine Spike» selon Santé publique France. BA.2 comme BA.1 pourraient ainsi être tous deux qualifiés de «variant Omicron». Il ne s’agit pas vraiment d’un «Omicron 2.0». Mais leurs nuances ont suffi à brouiller les données épidémiologiques en Belgique.

Une prévalence difficile à établir

Cette découverte pourrait résoudre une énigme qui intriguait les experts. Cela fait maintenant plusieurs semaines que le variant Delta fait preuve d’une étonnante persistance dans les chiffres belges. Il causerait encore 15% des infections (contre 85% pour la souche BA.1), alors qu’il était attendu qu’il disparaisse rapidement face à la grande contagiosité d’Omicron. Mais en réalité, il se pourrait que Delta soit encore moins présent que cela, puisque BA.2 était confondu avec lui.

Dans quelles proportions BA.2 est-il véritablement présent en Belgique? «Pour l’instant, il ne s’agit que d’un faible nombre de contaminations, c’est difficile de donner un chiffre», déclare Tom Wenseleers. Pour le savoir, il faudrait revoir les procédés de détection des variants pour faire apparaître sa véritable prévalence. Contrairement à BA.1, il est difficile de le détecter dans les tests PCR tels qu’analysés aujourd’hui.

https://www.moustique.be/actu/sante/2022/01/19/un-sous-variant-domicron-confondu-avec-delta-detecte-en-belgique-224401

Sur les hospitalisations avec ou pour Covid, Le Monde a sorti un article intéressant aujourd'hui, qui indique que la part de patients admis à l'hôpital "avec Covid", et pas "pour Covid", est particulièrement importante pour les plus jeunes, 44% pour les 20-29 ans, et 40% pour les 30-39 ans. Globalement, la part des admis "avec Covid" serait actuellement de 20%, en augmentation.

Covid-19 : 20 % des hospitalisations ont une autre cause que le virus


Au début de janvier, près de la moitié des 20-29 ans admis à l’hôpital en étant porteur du virus l’ont été pour un autre motif médical que le Covid-19. Ce biais de calcul tend à s’amplifier.

Par Léa Sanchez Publié aujourd’hui à 14h00, mis à jour à 18h41

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Ce décalage entre hospitalisations « pour » et « avec » Covid-19 est plus marqué chez les jeunes adultes. Au début de janvier, 44 % des 20-29 ans hospitalisés et diagnostiqués positifs au SARS-CoV-2 l’ont été pour un autre motif médical que le Covid-19 (18 % en soins critiques) et 40 % des 30-39 ans (14 % en soins critiques).

Tous ces éléments sont calculés à partir des données renseignées dans SI-Vic (système d’information pour le suivi des victimes), le système de surveillance mis en œuvre à la suite des attentats de novembre 2015 et devenu dès le début de l’épidémie « le pivot du dénombrement hospitalier des patients atteints [du] Covid-19 », selon la direction de la recherche, des études, de l’évaluation et des statistiques (Drees).

Une variable publiée quelques mois par SPF, puis retirée

Lors de la première vague, « aucune information médicale autre que le statut d’hospitalisation n’y est saisie », ce qui, de l’avis de la Drees, ne posait alors pas de difficultés majeures. En effet, comme « l’activité de base des hôpitaux était presque à l’arrêt, l’essentiel des patients entrés dans SI-Vic étaient admis du fait de leur infection.
Puis, progressivement, les capacités de dépistage ont augmenté et ce dernier est devenu beaucoup plus fréquent pour les patients admis à l’hôpital. En parallèle, après le plus fort de la vague épidémique, les opérations planifiées ont progressivement repris ». Des personnes contaminées par le SARS-CoV-2 et hospitalisées pour une crise d’appendicite ou un accident de la route ont ainsi pu être admises dans la base de données, sans pour autant avoir de symptômes majeurs liés au Covid-19.

Par la suite, une variable renseignant le motif d’hospitalisation a été ajoutée dans SI-Vic. Elle rend possible la distinction entre les patients hospitalisés pour Covid-19 et ceux admis pour un autre motif. Si cette donnée a été utilisée durant quelques mois dans les points hebdomadaires de SPF, elle a été retirée car elle « était extrêmement stable », explique l’agence. Pourquoi ne pas avoir remplacé les données hospitalières en accès libre par les informations extraites de cette nouvelle variable, plus précise ? N’aurait-il pas été possible d’ajouter une colonne dans ces fichiers utilisés pour alimenter les tableaux de bord de nombreux médias ? Interrogé, SPF répond que l’objectif était de « maintenir un système de surveillance stable dans le temps » et de faciliter les comparaisons avec d’autres pays.

Une distinction effectuée dans d’autres pays

Pourtant, la même question s’est posée chez nos voisins. En Espagne, le quotidien El Pais estimait le 14 janvier que, dans les indicateurs hospitaliers de suivi du Covid-19, entre 25 % et 40 % des patients étaient hospitalisés pour d’autres causes. Au Royaume-Uni, la part de personnes traitées principalement pour Covid-19 parmi toutes celles déclarées positives semble aussi en décrue, selon les données hospitalières publiées par le National Health Service. Mais il faut interpréter ces données avec prudence : il n’est pas toujours facile de distinguer ce qui est causé par le Covid-19 de ce qui ne l’est pas : la maladie pouvant générer un certain nombre de complications, la classification « avec » et « pour » Covid-19 n’est pas forcément évidente.

Malgré ces réserves, avoir en accès libre le nombre de patients hospitalisés en raison du Covid-19, et non plus seulement « avec » le Covid-19, permettrait d’améliorer le suivi de la situation en pleine vague d’Omicron. Il s’agit également d’une question de transparence. « Bien que cela ne change rien à la gravité de la situation dans les hôpitaux de l’Ontario, il est important de partager ces données pour fournir un contexte supplémentaire sur l’état de la pandémie », explique ainsi sur Twitter Christine Elliott, la ministre de la santé de l’Ontario (Canada), province où les données publiques font depuis quelques jours le distinguo entre les patients hospitalisés en raison du Covid-19 et ceux déclarés positifs mais admis pour d’autres motifs (47 %). En France, SPF assure suivre cet indicateur « quotidiennement » et annonce sa publication « en open data prochainement ».

https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2022/01/19/covid-19-20-des-hospitalisations-ont-une-autre-cause-que-le-virus_6110118_4355770.html

A propos de la stratégie des tests actuelle / fiabilité des autotests, quelques cas concrets rapportés par @SaiyanBio.


https://twitter.com/SaiyanBio/status/1483830331782356996


Les conseils municipaux, c’est avec une bonne ambiance dans les campagnes.
Avec l’apéro à la fin.
Et si on tousse, c’est pas grave.
Ou pas.

Un cas testé positif. Le conseil municipal a alors eu l’idée… d’appeler l’ARS (on rigole pas !). Qui leur a donné… des autotests (!)

Tous le conseil municipal s’est « autotesté »… 7 positifs sur 20.
Mais plusieurs autres avaient de + en + de symptômes…
Donc ils m’ont appelé pour qu’on fasse des PCR (j’ai été un peu directif et fuck l’ARS qui nous a bien mis le bouzin)

Tout est résumé dans ce bôô schéma :

1/ Sensibilité des autotests = 7/16 = 44% (à J7 du contact, à J5 ça donne 33%)
2/ Les 9 «faux négatifs» en autotests ont conduits à… 18 cas secondaires (pas d’autres cas dans le coin)
Tous variants Delta

C’est incohérent avec le fait qu’on vient d’ouvrir leur éligibilité au rappel.

Données SPF hospitalisations pour/avec Covid pour toutes les tranches d'ages :

https://www.santepubliquefrance.fr/content/download/406916/3335676

C'était déjà ouvert cette tanche d'age en Juillet-Aout ?
Il me semble que cela a été ouvert que depuis la rentrée Septembre, mais peut-être que je me trompe, j'ai pas vérifié, ce qui ferait qu'il n'y aurait pas beaucoup de cas de figure dans cette configuration.

Alors, triple erreur dans ton raisonnement :

- c'était ouvert dès le 15 juin pour les + 12ans et c'est parti rapidement en flèche.
- fin aout il y avait déjà 47% de 12-17 ans totalement vaccinés donc c'est beaucoup
- et de surcroit, la durée de validité du pass vaccinal sans dose de rappel passera de 7 mois à 4 mois à compter du 15 février 2022, cela va donc concerner tous ceux qui avaient fait leur dernière dose hors rappel avant le 15 octobre, puis chaque jour glissant au-delà (pour les 12-17 ans ça représentait 70% de totalement vaccinés à cette date)

Mais bon, si j'ai bien compris ils ne sont pas concernés par la dose de rappel pour le pass vaccinal, sinon ça risque d'être le gros boxon pour leur trouver un créneau avant le 8 février (le pass s'activant 7 jours après l'injection).